是可以进行注的，但仍需要进行赔偿；对于公司侵权人通常需承担停止侵权的责任，明知或应知是侵权的行为人还要承担赔偿的责任。情节严重的，还要承担刑事责任，中国《刑法》有专门针对知识产权犯罪的规定。
(一)、清算
公司到登记机关办理公司注销程序之前一定要依法进行公司清算，包括终止生产经营销售活动、了结公司事务、了结民事诉讼、清理债权和债务和分配剩余财产等。
公司不论是何性质的清算，均应依下列步骤展开：
1、成立清算组。
2、展开清算工作。
清算组自成立之日起接管公司，开展以下业务： 接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务、分配剩馀财产、注销公司法人资格并吊销营业执照。
3、通知债权人申报债权。
4、提出清算方案。
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，拟定提出清算方案，报股东会讨论通过或者主管机关确认。 清算方案的主要内容有：清算费用、应支付的职工工资和劳动保险费、应缴纳的税款、清偿公司债务、分配剩余财产、终结清算工作。
在清算进行完以后，才能进行注销。
(二)、登记
1、社保局：核查是否有未缴清社保费用，然后注销公司社保账号。
2、税务局：核查是否有未缴清税款或费用，然后注销公司的国、地税。
综合上面所说的，商标侵权与公司注销两者是没有多大的关系，但前提也是必须要保障到侵权的责任已经履行完成，这样才能确保公司可以顺利的注销，所以，公司在处理的时候就需要按公司法的条款来进行办理，这样才不会承担任何的法律责任。
延伸阅读：
商标侵权纠纷的解决方式有哪些
认定商标侵权的程序是怎样的
