植物新品种保护的期限依培育植物品种所需的时间长短而定。一般地说，木本植物培育的时间较长，因此保护的期限也较长。我国规定：藤本植物、林木、果树和观赏树木的品种权保护期限为20年，其他植物为15年。
1、育种者应提交相应的申请文件。文件内容包括：植物新品种权请求书、说明书和照片。
2、文件准备齐全后，申请林业植物新品种权的申请人，可以直接向国家林业局提出申请，也可委托国家林业局指定的代理机构代理申请。对于申请品种权的育种者，可以直接向国家林业局植物新品种保护办公室递交申请文件，也可通过邮局邮寄申请文件。
3、申请文件递交后，申请人所申请的保护品种将在国家林业局下发的书面公告或网上进行公告，如果在公告期没有任何人对该品种提出质疑，该申请人将获得新品种保护权。
植物新品种是指人工栽培或野生植物开发利用的新的、特异的、一致的、稳定的植物品种。
1、1999年3月12日，国家计委、财政部发布了“植物新品种保护申请费、审查费和年费标准通知”，指出农业部和国家林业局在接受、审查和授予植物新品种保护权时，可以向申请人收取申请费，新品种保护权的审查费和年费，以及新品种保护权的申请费。每种1800元，每种植物新品种的保护权审查费为4600元，由审批机关根据审批机关的实际费用向申请人收取试验费。新品种保护权的年费从保护期的第一年到第三年，每年1500元，根据前三年的收费标准，以后每三年可以增加30%，从1999年4月1日起实施。
2、2007年8月9日，国家发改委和财政部发布了“关于调整植物新品种保护收费标准的通知”，指出农业部和国家林业局正在接受、审查和授予保护植物新品种的权利。每种植物新品种的保护权申请费从1800元降低到1000元。每个品种的考试费从4600元降至2500元，在保护期内，第一年至第六年年费为1000元，其后年费为1500元。此外，自2007年9月1日起，农业部和国家林业局不允许向申请人收取任何其他费用，如测试费。
3、2015年9月1日，国家发展和改革委员会，财政部发布“关于降低住房转让费和部分行政费用接受商标的通知”，并称2015年10月15日起，降低。而城乡建设部门的住房转让费，工商部门接受商标注册费等6个部门，12个行政管理费，在保护新植物品种权，保护期内，年费从1每年6年。 1000元，每年1500元，第一至第六年每年变为1000元，之后每年减少到1200元。
4、但是，为了进一步规范管理和维护权益，按照合理、合法、公平、公正的原则，按照财政部国家发展和改革委员会《关于清理和规范有关政策的通知》的要求，申请费、审查费和保护新植物品种权的年费将从2017年4月1日起暂停。
5、在2017年3月31日前发出申请费、考试费通知或者年费截止日期在2017年3月31日前的，品种权申请人和品种权利代理机构应当按照规定的期限全额缴纳。2017年3月31日以前，由于未按时缴纳有关费用，被视为撤销、放弃或者终止的，恢复请求权在规定的期限内提出的，应当在审查有关费用并全额支付有关费用后才能恢复。那些在2017年3月31日后应缴的会费，但其费用已支付的，将不予退还。
6、暂停植物新品种保护费，降低了企业和个人申请植物新品种保护权的成本，无疑减轻了企业和个人的负担，鼓励饲养者积极走向市场。这也反映了国家鼓励和支持科技创新，支持实体经济发展，减轻企业负担的决心。
