劳动合同总公司分公司都是可以签署的，分公司虽然没有独立的主体资格，但是其实际领取了营业执照，并且从事相关的经营活动，对于普通劳动者而言，可能并不能辨认其主体资格。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第40条规定：“《民事诉讼法》第48条规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括：法人依法设立并领取营业执照的分支机构”从上述法律的规定来看，分支机构单独从事的法律行为原则上是有效的，除非法律、法规有特别规定，只是其责任最终由总公司承担。《〈劳动合同法〉实施条例》第4条规定：“《劳动合同法》规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的。可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同;未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。”
二、分公司有哪些特点
分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。
分公司的特征具体表现为：
①分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
②分公司不独立承担民事责任。
③分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
④分公司没有自己的章程，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关。
分公司是可以在总公司不知情的情况下就与职员签署劳动合同的，在日常生活之中，与分公司签署合同之后，最终在总公司上班的情形也是比较常见的。与其他的纠纷不同的是，劳动合同发生纠纷后，职员一般是只能向分公司索赔。
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