分公司注销劳动合同的处理方式是解除劳动合同。需要赔偿，分公司注销了，按照劳动合同法规定，用人单位和劳动者劳动合同终止，用人单位应当按照劳动合同法第46条规定向劳动者支付经济补偿金(每服务一年支付一个月工资)，用人单位按照劳动合同法要求给劳动者出具劳动合同终止证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
分公司虽然没有独立的主体资格，但是其实际领取了营业执照，并且从事相关的经营活动，对于普通劳动者而言，可能并不能辨认其主体资格。
《劳动合同法》规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的。可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同;未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。”
分公司或者分支机构是否能作为用人单位订立劳动合同的主要标准在于是否依法取得营业执照。依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同，未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。
三、分公司有哪些特点？
分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。
分公司的特征具体表现为：
①分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
②分公司不独立承担民事责任。
③分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
④分公司没有自己的章程，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关。
综上所述，因为分公司不具有独立的法人资格，对外不具有签订合同的能力，因而即使是在分公司供职的员工，其实在劳动合同上面也是需要与总公司来签订的，如果分公司和员工签订劳动合同的话，则此时的劳动合同可以说是不具有法律效力的。
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