主动辞职和自动离职的区别是两者的主动性是不一样的，自动离职是指劳动者不向用人单位打招呼，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为。“自动离职”是指职工擅自离职的行为。
职工自动离职给企业造成了损失，企业要求职工赔偿或交付违约金而发生的争议，称为自动离职争议。
这里需要注意的是根据《关于职工擅自离职按自动离职处理发生争议处理范围的复函》(劳办字〔1992〕45号)，《关于自动离职与旷工除名如何界定的复函》(劳办发〔1994〕 48号)，《关于计算连续旷工时间问题的复函》(劳社函〔1998〕5号)有关规定，如果职工要求停薪留职，但未经企业批准而擅自离职的;或停薪留职期满后1个月内既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，企业有权按自动离职处理。按自动离职处理是用人单位的行为。按有关行政复函规定，这里讲的按自动离职处理，是指用人单位应依据有关规定，对其作出除名处理。为此，因按自动离职处理发生的争议，应按除名争议处理。
辞职、自动离职(又称擅自离职)是指劳动者解除与用人单位劳动关系的行为。在《劳动法》实施之后，也就是劳动者解除与用人单位劳动合同的行为。这就是解除劳动合同与辞职、自动离职的联系。它们的区别主要有解除劳动合同的运用主体可以是用人单位，也可以是劳动者。而辞职、自动离职的运用主体只是劳动者。
在日常生活当中现在主动辞职和被动辞职的话，它是在主动性方面的话存在着较大的差异，还有一种区别就是我们国家也规定了，有一些是自动的辞职，这种自动的话并不是说劳动者自动，而是说根据双方的协议，可以自动来解除劳动合同了。
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