员工自动离职后，用人单位应该支付工资。但是，如果劳动者自动离职给用人单位造成的损失，用人单位可以单独起诉劳动者要求该劳动者承担。
如果用人单位拒绝支付工资，劳动者可以申请劳动仲裁，要求支付。
1、去当地人力资源和社会保障局(原劳动局)内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁。需提交的材料：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份;相关证据复印件和证据清单2份;部分地区还需要提供用人单位的工商登记信息!
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案。劳动仲裁委不收费。然后给双方举证期;之后开庭审理，并且对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书;劳动仲裁60天内结案;对于裁决书不服，我们可以起诉到法院;
3、可以不请当地律师代理，自己亲自处理，我可以为你提供远程指导(相关法律文书我写好发给你后，你打印即可)，一样能胜诉;
4、申请劳动仲裁期间，不耽误你去新单位工作!
5、法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第2条、《工资支付暂行规定》第4、5条。
二、自动离职是否享受辞职待遇
离职与辞职没有本质的区别，从以前的规定看，一般是指尚未丧失劳动能力的干部由于某些个人原因，不能继续在用人单位供职，需要向用人单位提出离职要求，经批准后可办理离职手续，享受一次性的离职费待遇，与用人单位终止劳动关系。当然，有的也不发离职待遇。例如：归侨、侨眷职工因私获批准出境定居，凡不符合退休、退职条件的，可办理离职手续，并按规定发给一次性的离职补助费。工龄每满1年发给1个月的本人标准工资，工龄10年以上的，从第11年起，每满1年发给1个半月的本人标准工资，但离职补助费的总额，最高不得超过24个月的本人标准工资。
而国家劳动总局《关于职工要求离职另谋职业问题的复函》([80]劳险便字66号)规定，凡要求离职在城镇另谋职业的职工，经批准离职后，不发离职待遇。辞职的职工，在1983年4月9日发布《全国整顿企业劳动组织工作座谈会纪要》(劳人计[1983]12号)之前，是没有辞职生活补助费待遇的，此后的辞职费标准也低于离职费标准，即：家居城镇的职工，工龄每满1年，发给相当于本人半个月标准工资的一次性生活补助费，最多不超过6个月的工资;回农村的，工龄每满1年，发给相当于本人1个月标准工资的一次性生活补助费，最高不超过12个月的工资。这种辞职费也仅适用于原来的固定职工。合同制职工按《劳动法》的规定执行。虽然从最初的规定看，离职是对干部而言，辞职是对工人而言，但从后来的规定看，界限越来越模糊。实行劳动合同制以后，这两种政策规定运用的越来越少了，然而有一部分职工仍需适用这两种政策。
自动离职其实与我们说的劳动者自己辞职并没有什么差异，现实中有不少劳动者自己离职往往都是因为找到了更好的工作，因为跳槽所以需要主动与劳动者解除劳动合同，在这样的情况下用人单位虽然不需要向其支付经济补偿金，但是对于劳动者之前应得的工资还是应该按照约定及时、足额的发放。
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