第一，经济补偿从性质上看系用人单位与劳动者解除或终止劳动关系后，为弥补劳动者损失或基于用人单位所承担的社会责任而给予劳动者的补偿，故经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数。
第二，加班工资系劳动者提供额外劳动所获得的报酬，不属于正常工作时间内的劳动报酬。
第三，从原劳动部《关于贯彻<中华人民共和国劳动法>若干问题的意见》第55条和《劳动合同法实施条例》第27条规定来看，也应认为经济补偿金不包含加班费。
但值得注意的是，如有证据证明用人单位存在恶意将本应计入正常工作时间的工资计入加班工资，以达到减少正常工作时间工资标准的情况，该部分的“加班工资”仍应计入经济补偿的计算基数。
二、经济补偿金需要缴纳个人所得税吗?
1、根据财政部、国家税务总局《关于个人与用人单位取得的一次性补偿收入免征个人所得税问题的通知》中规定：个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资三倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》计算征收个人所得税。
2、超过平均工资3倍的部分需要缴纳个人所得税。如果劳动者的月平均工资在本地区上年度职工月平均工资三倍以内，比如2.5倍，就不会受十二年的限制，这时劳动者可以拿超过12个月的经济补偿金，这超过的部分就有可能在当地上年职工平均工资三倍数额以上，这部分还是要纳税。
基本上经济补偿金涉及到的都是非员工主要责任的解除劳动合同的情况，如果是员工主动辞职、主动提出协商解除、故意违反公司规定等情况，公司不需要支付经济补偿金。经济补偿金是按平均工资和工作年限来计算的，有时候涉及到金额还是挺高的，可能是平时工资的几倍。
延伸阅读：
最新加班工资计算标准
离职时的代通知金含加班工资吗
