补发工资应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，即，纳税人月初第一日至月末最后一日，取得的工资、薪金所得，减除费用5000元后，依法计征个人所得税。
也就是说调资后补发以前数月的工资，可以分推到所属月份，与原来的月工资合并计算应缴个人所得税，扣除已缴纳的个人所得税，即为应该补缴的税款。
第四条 工资支付主要包括：工资支付项目、工资支付水平、工资支付形式、工资支付对象、工资支付时间以及特殊情况下的工资支付。
第五条 工资应当以法定货币支付。不得以实物及有价证券替代货币支付。
第六条 用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。
用人单位可委托银行代发工资。
用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
延伸阅读：
补发工资怎么扣税
企业员工发工资扣税是怎么扣税的？
破产清算怎么补发工资
