厂房施工合同纠纷可以选择采用和解、协调、仲裁、诉讼等四种方式：
1、和解这是解决争议的最佳方式，争议方通过磋商对工程造价有争议的部分进行沟通，相互谅解，达成共识，这样既能解决争议，防止损失扩大，又有利于双方的友好合作。这种解决方式多用于争议分歧不大，争议方对争议理解差距较小，且争议方都愿做出让步前题下。
2、协调这是解决争议的很好方式，争议方在造价管理部门的协调下，对造价争议中涉及的定额套用、工程量计算规则、材料价格调整、费率标准、工程造价文件时效性等造价争议问题予以明确，通过造价管理部门的协调，使争议方的造价纠纷得到解决。采用这种方式解决争议，多源于争议方对计价依据、相关造价政策的理解不够，对造价管理部门专业知识权威性的信赖或依赖政府部门的行业管理和行政手段。
3、仲裁这是一种对争议问题作出具有法律约束力的书面裁决，争议方可以根据合同约定或争议发生后达成的书面协议，提交仲裁机构对争议问题提请仲裁。裁决作出后，当事人不可以就同一纠纷再伸请仲裁或向法院提起诉讼，当事人只能对仲裁协议的效力有异议请求仲裁机委员会作出决定或者人民法院作出裁定。
4、诉讼这是对争议解决最终方式，争议方在合同中未约定仲裁条款，发生争议后又未达成书面仲裁协议或仲裁协议无效的争议方可依法将争议提交人民法院受理，由人民法院依据司法程序通过调查、作出判决、采取强制措施等来处理纠纷。
法院有管辖权的限制，对于建设工程合同的纠纷一般都由不动产所在地的专属管辖，这就是说发生争议只能向工程所在地的人民法院提请诉讼。
综上所述，当事人存在厂房施工纠纷争议的，可以采取协商和解、法律判决等不同形式解决处理，和解、协调有利于消除合同当事人的对立情结，能够较经济、及时解决纠纷。仲裁、诉讼是使纠纷的解决具有法律约束力，是解决纠纷的最有效的解决方式，但相对于和解、协调必须付出仲裁费和诉讼费等相应费用和一定的时间。
延伸阅读：
合同纠纷如何起诉 怎么提起合同...
怎么处理合同纠纷,有哪些方式?
怎么就合同纠纷确定管辖法院
建设工程施工合同纠纷司法解释
合同纠纷保存证据怎么操作
如何在合同债务纠纷案件中举证
