与传统的、一般的民事诉讼、行政诉讼相比，环境公益诉讼有其特殊性：
1、环境公益诉讼的主体具有特殊性。环境公益诉讼的发起者不一定是与本案有直接利害关系的人。环境公益诉讼的提起者包括社会成员，如公民、企事业单位和社会团体。提起环境公益诉讼的社会成员，既可以是直接的受害人，也可以是无直接利害关系的人。任何组织或个人为了维护国家、社会利益都可把侵害公共环境利益之人推上被告席。环境公益诉讼的对象既包括一般的民事主体，也包括国家行政机关。一般的民事主体，如企事业单位和个人，当其行为对环境公共利益构成损害，而环境行政控制无力或不能干预时，即可成为环境公益诉讼的对象。国家行政机关未履行法定职责，构成了对环境公共利益损害的不当行政行为，也是环境公益诉讼的对象。
2、环境公益诉讼目的具有特殊性。环境公益诉讼的目的是维护环境公共利益。具体来说，是为了保护社会环境利益、国家环境利益、及不特定多数人的环境利益，追求社会公正、公平，保障社会可持续发展。
3、环境公益诉讼具有显著的预防性，同时兼具补救功能。环境公益诉讼的提起及最终裁决并不要求一定有损害事实发生，只要能根据有关情况合理判断出可能使社会公益受到侵害，即可提起诉讼，由违法行为人承担相应的法律责任。这样可以有效地保护社会秩序不受违法侵害行为的侵害，把违法行为消灭在萌芽状态。在环境公益诉讼中，这种预防功能尤为明显且显得更为重要，因为环境一旦遭受破坏就难以恢复原状，所以法律有必要在环境侵害尚未发生或尚未完全发生时就容许公民适用司法手段加以排除，从而阻止环境公益遭受无法弥补的损失或危害。
4、环境公益诉讼诉讼对象特殊。环境公益诉讼可以是针对民事主体，也可以是针对行政主体。一般民事主体是指由于在社会生活经济活动中对环境造成破坏或损害即可以成为环境公益诉讼的对象。而在行政主体而言，行政机关作为公共利益的维护者，在个体利益的驱动下也往往未履行其法定职责，对环境造成严重的危害。甚至，国家推行的一些规划计划政策也只注重了经济利益忽略了环境价值，对环境造成的危害更为严重。所以这也就成为环境公益诉讼的另一类对象。
环境公益诉讼和环境行政诉讼的区别主要是：前者是对侵害环境的民事主体提起诉讼，而后者是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。
环境公益诉讼的提起及最终裁决并不要求一定有损害事实发生，只要能够根据实际的情况，可以判断出违法者实施的具体行为，将会导致国家、社会、或者是不特定多数公民的环境利益会受到损害，那么就可以提出环境公益诉讼。
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