新修改的法律规定，国家对重点水污染物排放实施总量控制制度。对超过重点水污染物排放总量控制指标或者未完成水环境质量改善目标的地区，省级以上人民政府环境保护主管部门应当会同有关部门约谈该地区人民政府的主要负责人，并暂停审批新增重点水污染物排放总量的建设项目的环境影响评价文件。约谈情况应当向社会公开。
农村污水、垃圾的治理和农业面源污染对水环境影响明显，但还是治理的薄弱环节。新修改的法律规定，国家支持农村污水、垃圾处理设施的建设，推进农村污水、垃圾集中处理。同时规定，制定化肥、农药等产品的质量标准和使用标准，应当适应水环境保护要求。畜禽散养密集区所在地县、乡级人民政府应当组织对畜禽粪便污水进行分户收集、集中处理利用。
针对饮用水安全，新修改的法律规定，饮用水供水单位应当做好取水口和出水口的水质检测工作。县级以上地方人民政府有关部门应当至少每季度向社会公开一次饮用水安全状况信息。同时规定，饮用水水源发生水污染事故，或者发生其他可能影响饮用水安全的突发性事件，饮用水供水单位应当采取应急处理措施，向所在地市、县级人民政府报告，并向社会公开。
修改后的法律加大了违法排污的处罚力度。若企业未依法取得排污许可证排放水污染物、超过水污染物排放标准或者超过重点水污染物排放总量控制指标排放水污染物的等情况，将被责令改正或者责令限制生产、停产整治，并面临十万元以上一百万元以下的罚款，若情节严重，还可能被责令停业、关闭等。
因此，新水污染防治法将按照上述内容执行，主要是总量控制制度，再然后是对各项水污染源的使用量进行控制，若是有企业不依法取得排污许可证排放水污染物，或者是超量排放水污染物，将会受到严重惩处，甚至停业或者是直接关闭。
