环境行政处分和环境行政处罚虽然都是环境行政主体所作的制裁行为，但两者从根本上说是不同的行政制裁方式，其区别主要表现为：
1、制裁的对象不同。环境行政处罚制裁的对象是违反环境行政法律规范的公民、法人或其他组织;环境行政处分的对象仅限于环境行政主体系统内部的公务员。
2、采取的形式不同。环境行政处罚的形式有：警告、罚款、责令停产停业、责令重新安装或使用、责令支付消除污染费用、责令赔偿国家损失等;行政处分的种类有警告、记过、记大过、降级、撤职和开除六种形式。
3、行为的性质不同。环境行政处罚属于外部行政行为，以行政管辖关系为基础;环境行政处分属于内部行政行为，以行政隶属关系为前提。
4、所依据的法律、法规不同。环境行政处罚依据的是有关污染防治和自然资源保护方面的法律、法规，如《环境保护法》，《大气污染防治法》，《矿产资源法》等;环境行政处分则由有关行政机关工作人员或公务员的法律规范调整，如《国家公务员暂行条例》、《行政监察条例》等。
5、救济途径不同。对环境行政处罚不服的，除法律、法规另有规定外，环境行政相对人可申请复议或提起行政诉讼;对于环境行政处分不服的，被处分的公务员只能向作出处分决定的机关的上一级机关或监察部门申诉。
二、行政命令的特征
②行政命令属于行政主体的一种处理行为，表现为要相对人进行一定的作为或不作为;
③行政命令是要相对人履行一定的义务，而不是赋予相对人一定的权利;
④行政命令是为相对人设定的行为规则，属于具体规则，表现在特定时间内对特定事或特定人所作的特定规范;
⑥行政命令是依法或依职权作出的。中华人民共和国的行政命令还有一个特征，即相对人不服行政命令时不能提起行政复议或行政诉讼，只能通过申请途径解决。这和行政决定不同，相对人如不服行政决定，可以依法提起行政复议，直至行政诉讼。(应区别抽象行政命令与具体行政命令)
制裁的对象不同是环境行政处罚和行政命令一项很明显的区别，前者处罚的对象是实施了还污染等行政的公民、法人、以及其他组织等，而后者处罚的是在环境行政机关就职的公职人员。
