1、立案。对违反环保法律、法规的案件，经初步审查认为应当追究环境行政责任的，十日内予以立案。
2、调查。经批准立案的案件在调查时执法人员不得少于两人，并应向当事人出示执法证件，实事求是的填写《环保执法案件询问笔录》、《现场勘验笔录》并按要求写出调查报告。
3、审查。法制部门接到调查报告及有关证据材料后，对违法行为人违法事实，处罚的法律依据，处罚的幅度等方面进行认真审查，并提出处理意见。
4、告知。在做出处罚决定之前，要告知当事人，对给予其行政处罚的违法事实、理由及法律依据，告知当事人。对于给予停业、关闭、吊销排污许可证的处罚要告知当事人举行听证时间。
5、听证。听证有法制部门主持，提出当事人违法事实、证据和处理建设，当事人可以进行申辩和质证。
6、下达行政处罚决定。经审查，认为违法事实清楚，法律依据充分的违法案件，提出处理意见经局长签发处罚决定。
7、送达。处罚决定书由调查部门负责送达，送达回执交法制部门备案。
9、结案。处罚案件执行完毕，由法制部门写出报告卷归档。
1.处罚法定原则
处罚法定原则是指环境行政处罚必须依法进行。处罚法定原则意味着：
(1)、实施处罚的主体必须是法定的环境行政主体。行政机关种类众多，不同的行政主体有不同的职权范围，不同的行政主体只能在自己的职权范围内实施处罚。
(2)、处罚的依据是法定的。也即实施环境行政处罚必须有法律、法规、规章的明确规定，法律、法规、规章没有规定的行为不为违法行为，不受行政处罚。当然法律、法规和规章的效力等级是不一样的，它们可以设定的处罚种类和范围、幅度也是不相同的。法律可以设定各种行政处罚;行政法规可以设定除限制人身自由以外的行政处罚;地方性法规可以设定除限制人身自由和吊销企业营业执照以外的行政处罚;部门规章可以在法律、行政法规规定的给予行政处罚的行为、种类和幅度范围内作出具体规定;地方性规章可以在法律、法规规定的给予行政处罚的行为、种类、幅度范围内作出具体规定。
(3)、行政处罚的程序合法。处罚法定原则不仅要求实体合法，而且要求程序合法，实施环境行政处罚必须按照法律规定的步骤、方法和顺序进行。
2.过罚相当原则
过罚相当原则要求环境相对人实施了违反行政法规范的行为，就应受到环境行政处罚，而不能逃避行政处罚;所受处罚的轻重应与其违法行为的情节、性质、事实以及社会危害程度相一致，不能避重就轻。它也要求环境行政主体只有在相对人实施了违反行政法规范的行为时，才能给予处罚，否则就不能给予处罚;所给予的处罚应与相对人违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相一致，而不能畸重畸轻。
3.责任自负原则
责任自负原则要求违法环境行政相对人亲自承担实施环境违法行为的行政法律责任，而不能由他人代为承担。它要求环境行政主体只能追究违法环境行政相对人的行政法律责任，而不罚及他人。
4.一事不再罚原则
它是指环境行政主体对环境违法行为人的同一个环境违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。
5.法律救济原则
法律救济原则是指环境行政主体在对环境行政相对人实施行政处罚时，必须保证环境行政相对人有获得救济的权利，否则不得实施环境行政处罚。法律救济原则是保障环境行政处罚公正进行的有效手段。根据《行政处罚法》的规定，环境行政相对人对于环境行政主体给予的行政处罚，依法享有陈述权、申辩权，对行政处罚不服的，有权依法申请环境行政复议或提起环境行政诉讼。公民、法人或其他组织因环境行政主体违法给予环境行政处罚受到损害的，有权依法提出赔偿要求。
6.教育和惩罚相结合的原则
环境行政主体在实施行政处罚时，不应以追究环境行政责任为惟一目的，而应坚持教育与处罚相结合，纠正违法行为，教育公民、法人或者其他组织自觉守法。
县级以上环境行政主管部门在作出环境处罚决定之前，必须要经过调查取证、审查在调查过程之中收集到的证据的程序，对于那些违反程序作出的处罚决定可能是无效的。环境行政纠纷的被罚者在发现处罚程序不符合规定的情形时，可以向相关部门举报。
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