施工合同备案过程中存在的问题有：法律意识淡薄、建筑企业施工合同管理与投标管理脱节、施工合同背离招标文件和投标书内容等。
法律意识淡薄。一是有相当部分企业对履行施工合同备案法定程序缺乏自觉性，承发包双方签订了施工合同后，不按规定办理备案手续，回避建设行政主管部门的监督管理;二是个别单位不采用国家统一的施工合同示范文本而自订条款;三是部分发包方不执行国家的法律、法规，而各行其是，有的私下另行签订合同来约束承包方。上述问题产生的原因，是由于某些领导及合同承办人员的法律意识淡薄，对建设工程施工合同签订和改造应具有严格的法定程序的重要性和必要性认识不足。
建筑企业施工合同管理与投标管理脱节。工程施工合同管理与招投标管理有着密切的内部联系，它是有效控制施工进度、施工质量、施工资金投入的法律性文件。然而在实际工作中，施工企业招投标中“商务标”、“技术标”编制及管理与工程项目的施工合同管理分属公司内不同职能部门及工程项目组。一旦投标中标，施工合同与甲方签订后，此“合同”只是以文件形式转给施工项目部，技术交底往往流于形式，最终使得施工合同管理与招、投标管理在实施过程中严重脱节。
施工合同背离招标文件和投标书内容。在工程项目招投标中，招标文件是建设单位向施工企业发出的订立施工合同的要约，投标文件是施工企业回复建设单位要约中全部条款的承诺，是施工企业向建设单位做出按要约签订施工合同意思的表示。由此看来，招投标文件是签订施工合同的主要内容之一。但有一些业主存在着买方市场优势地位，或者要求附加条款，或者强调施工企业一次包死，不计风险包干费，使最终签订的施工合同与招标文件及投标书出现较大的背离，从而为施工合同的执行带来很大困难。较普遍的存在强行要求施工企业垫资施工、随意压减工期、压减造价、提高质量要求等等。最终都是施工合同的管理及执行得不到保障。
施工合同备案过程中存在的问题主要有三种，在我国当前的合同备案程序中，或多或少都存在者一些问题，这些问题的出现导致我国办事效率的降低，所以，我们应当加快发现并解决相关的问题，提高我国的办事效率。
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