施工合同备案代理办理是可以的，可以由合法的代理人代理办理施工合同的备案，根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十七条规定：订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。施工合同备案方法包括：承包人登陆政府门户网站，在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，在对应的合同备案表中填写信息打印;办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
二、施工合同无效的情形有哪些?
《中华人民共和国民法典》
第一百四十四条 【无民事行为能力人实施的民事法律行为的效力】无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
第一百四十六条 【虚假表示与隐藏行为的效力】行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
第一百五十三条 【违反强制性规定及违背公序良俗的民事法律行为的效力】违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
第一百五十四条 【恶意串通的民事法律行为的效力】行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
施工合同的备案登记跟报建毫无关系，而且建筑领域内的各位工作人员要非常清楚的认识，到现在签完施工合同以后不需要再进行备案登记，地方法规也会根据国家相关规定进行调整。
施工合同备案代理办理也是需要严格基于法律规定来进行处理的，特别是对于代理材料的提交要符合法律规定，如果提交的材料不符合规定的标准，或者代理人不具备代理资格的，那么就是无法办理施工合同的备案程序的。
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