备案合同与施工合同的区别主要在于法律适用不同，以及签订情况不同等，在一般的情况，两个合同的内容是一致的，如果不一致就是阴阳合同，会导致在工程款的结算上出现较大的争执，一般是以备案合同为准;如果是合同两方有意调整，在不违背原则的基础上，两方另签订合同谈判明确。另外，必须招投标的工程项目，招投人没有按照法定招投标的程序进行招投标，而是自行招标或者是议标的，视为没有办理招投标手续，所签订的建设工程施工合同无效。建设工程纠纷按照无效合同处理。
1、签订建设工程施工合同，必须以建设计划和具体建设设计文件已获得国家有关部门批准为前提。签订施工合同须以履行有关法定审批程序为前提，这是由于建设工程施工合同的标的物为建筑产品，需要占用土地，耗费大量的资源，属于国民经济建设的重要组成部分。凡是没有经过计划部门规划部门的批准，不能进行工程设计，建设行政主管部门不予办理报建手续及施工许可证，更不能组织施工。在施工过程中，如需变更原计划项目功能的，必须报经有关部门审核同意。
2、承包人主体资格受到严格限制建设工程施工合同的承包人，除了在经工商行政管理部门核准的经营范围内从事经营活动外，应当遵守企业资质等级管理的规定，不得越级承揽任务。
3、签订及履行施工合同受到国家的严格监督管理。国家对建设工程项目的发包实行招标投标制度。《招标法》第三条规定：“中华人民共和国境内进行工程建设项目必须进行招标。”第四条规定：“任何单位和个人不得将依法必须进行招标的项目化整为零或者以其他方式规避招标。
4、建设工程施工合同实行备案制度。建设部《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案。在施工过程中，各级政府建设工程质量监督管理部门还要对工程建设的质量进行全面监督。
在司法实践中，一般是需要由双方协商达成一致意见后签订施工合同，而后根据施工合同的内容来办理备案，所以施工合同本身不存在问题的情况下，那么备案合同与施工合同就不存在区别，存在异议的应当以备案合同为准。
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