网上备案施工合同可以修改，变更后需要重新进行备案处理，根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
二、《民法典》对于施工合同的规定
第七百九十五条 施工合同的内容一般包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、相互协作等条款。
第七百九十六条 建设工程实行监理的，发包人应当与监理人采用书面形式订立委托监理合同。发包人与监理人的权利和义务以及法律责任，应当依照本编委托合同以及其他有关法律、行政法规的规定。
第七百九十七条 发包人在不妨碍承包人正常作业的情况下，可以随时对作业进度、质量进行检查。
第七百九十八条 隐蔽工程在隐蔽以前，承包人应当通知发包人检查。发包人没有及时检查的，承包人可以顺延工程日期，并有权请求赔偿停工、窝工等损失。
第七百九十九条 建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。
建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用;未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
第八百条 勘察、设计的质量不符合要求或者未按照期限提交勘察、设计文件拖延工期，造成发包人损失的，勘察人、设计人应当继续完善勘察、设计，减收或者免收勘察、设计费并赔偿损失。
施工合同备案的具体内容，是需要严格基于上述法律规定来进行合法的处理的，特别是不同的合同条款和内容所认定的备案情况也是不同的，如果对相关情况的认定不清楚的，可以咨询建设管理部门来进行合法的界定，避免法律适用错误。
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