施工补充合同必须备案，法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第10条规定：“分包工程发包人应当在订立分包合同后7个工作日内，将合同送工程所在地县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门备案。分包合同发生重大变更的，分包工程发包人应当自变更后7个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。
二、备案的流程包括以下程序
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
建设工程合同包括了许多种，不同的种类的建设工程合同备案时需要的材料也不同。
(1)、勘察合同原件3份;
(1)、设计合同原件3份;
(1)、招标代理合同原件3份;
(1)、造价咨询合同原件3份;
(3)、标底文件原件一份(标底的成果文件要求装订成册，有编制说明，封面加盖单位公章，注册造价工程师、造价员签字盖章齐全。);
(1)、施工合同6份原件;
(3)、中标通知书1份(复印件加盖原件存放单位公章);
(4)、招标文件原件1份;
(5)、类别确认书1份(复印件加盖原件存放单位公章)。
对施工合同进行备案的情况，是比较常见的，有关情况的处理是需要严格基于有关行政主管部门的规定来进行办理的，特别是不同的施工情况所认定的施工合同内容是不同的，那么在后期存在修改合同的情况也是需要重新备案的。
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