建设工程监理合同备案的办理流程是首先监理单位提供如监理合同、中标通知书、项目监理委托书等审查资料;然后建设行政主管部门审查材料，符合要求，即时办理备案手续;不符合要求的，现场指出，并提出整改意见，经整改后直至符合要求再予以备案。
《中华人民共和国建筑法》第三十一条
实行监理的建筑工程，由建设单位委托具有相应资质条件的工程监理单位监理。建设单位与其委托的工程监理单位应当订立书面委托监理合同。
第三十二条
建筑工程监理应当依照法律、行政法规及有关的技术标准、设计文件和建筑工程承包合同，对承包单位在施工质量、建设工期和建设资金使用等方面，代表建设单位实施监督。 工程监理人员认为工程施工不符合工程设计要求、施工技术标准和合同约定的，有权要求建筑施工企业改正。 工程监理人员发现工程设计不符合建筑工程质量标准或者合同约定的质量要求的，应当报告建设单位要求设计单位改正。
《招标投标法》第四十七条规定：
招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同;招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案
三、申请办理合同备案需要提供哪些材料？
1、《建设工程施工合同备案表》(收取原件4份，此表要到政务中心窗口领)。
3、提供施工合同原件正、副本各不少于2份，留存副本1份，建议签订施工合同使用统一格式的示范文本)， 招标文件和招标控制价及电子数据，(收取包括招标文件制式文本和招标控制价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式电子数据1份)。
4、中标人的商务标和中标价及电子数据(收取包括商务标和中标价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式数据1份，)。
5、经发、承包双方确认的工程预算书(收取工程预算书加盖申请单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份，)。
6、实行担保的工程，需提交双方的担保保函;(查验原件，收取加盖单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份)。
7、法定代表人授权委托书(收取原件1份)。
8、《办理建管手续联系单》(查验原件，收取加盖申请单位公章的复印件1份)。
9、中标通知书(收取加盖申请单位公章的复印件1份)
综合上面所说的，监理施工合同需要由监理单位来进行办理，一般在处理时就需要按法律所规定的流程来，除了要在规定的时间之内提出来之外，还需要提交相关的证明材料，这样才能获得同意，备案之后的施工合同是受到法律保护的。
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