法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：
1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
重新办理施工许可证即可。
1、建设单位到建设行政管理部门或其授权机构领取建设工程项目登记表。
2、按登记表内容及要求认真填写登记表。
3、将登记表报送建设单位主管部门审核、签署意见。
4、向建设行政管理部门报送登记表并交验立项批准文件和建设工程规划许可证、土地使用证、投资许可证及资金证明。
5、建设行政管理部门或其代理机构审核签署意见后，发还建设单位项目登记表，进入施工图文件审查程序。
在城市规划区内新建、扩建、改建的建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程设施，必须向有关主管部门申请办理规划、施工许可和验收手续，获得批准方可进行后续工作。这些工作统称为建设工程报建手续。目前不同省市、不同项目工程报建手续不尽相同，但主要工作基本一致。
在工程规划报审阶段主要围绕获取建设工程规划许可证进行，有的需要办理建设用地规划许可证、修建性详细规划、规划意见书等，有的还要进行人防工程、消防工程、交通和园林等方面的审查。
施工合同备案施工单位变更的话可以进行重新办理施工许可证，通常建设单位需要根据实际情况填写工程项目登记表，然后由主管部门进行审核，审核通过之后建设行政管理部门才会发放土地使用证以及相关的许可证。
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