就备案施工合同作出修改，只要双方协商一致修改的合同条款就有效。
《中华人民共和国民法典》
第五百四十三条 【协议变更合同】当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条 【变更不明确推定为未变更】当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
(1)建设工程施工工程的名称和地点;
(2)建设工程施工工程的范围和内容;
(3)建设工程施工开工、竣工日期及中间交工工程开工、竣工日期;
(4)建设工程施工工程的质量保修期及保修条件;
(5)建设工程施工工程的造价;
(6)建设工程施工工程价款的支付、结算及交工验收办法;
(7)建设工程施工设计文件及概、预算和技术资料提供日期;
(8)建设工程施工材料和设备的供应和进场期限;
(9)双方相互协作事项;
(10)建设工程施工违约责任。
(一)依法应当办理用地批准手续的，已经办理该建筑工程用地批准手续。
(二)在城市、镇规划区的建筑工程，已经取得建设工程规划许可证。
(三)施工场地已经基本具备施工条件，需要征收房屋的，其进度符合施工要求。
(四)已经确定施工企业。按照规定应当招标的工程没有招标，应当公开招标的工程没有公开招标，或者肢解发包工程，以及将工程发包给不具备相应资质条件的企业的，所确定的施工企业无效。
(五)有满足施工需要的技术资料，施工图设计文件已按规定审查合格。
(六)有保证工程质量和安全的具体措施。施工企业编制的施工组织设计中有根据建筑工程特点制定的相应质量、安全技术措施。建立工程质量安全责任制并落实到人。专业性较强的工程项目编制了专项质量、安全施工组织设计，并按照规定办理了工程质量、安全监督手续。
(七)按照规定应当委托监理的工程已委托监理。
(八)建设资金已经落实。建设工期不足一年的，到位资金原则上不得少于工程合同价的50%，建设工期超过一年的，到位资金原则上不得少于工程合同价的30%。建设单位应当提供本单位截至申请之日无拖欠工程款情形的承诺书或者能够表明其无拖欠工程款情形的其他材料，以及银行出具的到位资金证明，有条件的可以实行银行付款保函或者其他第三方担保。
(九)法律、行政法规规定的其他条件。
住房城乡建设部最近才删除了施工合同备案登记的相关法条，在此之前签订的施工合同都是要办理备案登记的，法律并没有规定过已经备案的施工合同绝对不能修改，但对于合同当事人来讲，任何情况下都不具有单方面修改合同的权利。
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