(一)关于视为认可竣工结算文件
《司法解释》第二十条规定，当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
《最高人民法院关于发包人收到承包人竣工结算文件后，是否视为认可竣工结算文件的复函》明确，适用《司法解释》第二十条的前提条件是当事人之间约定了发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，则视为认可竣工结算文件。承包人提交的竣工结算文件可以作为工程款结算的依据。
(二)关于固定总价工程款调整
目前司法实践的基本做法是：1、固定总价一般不予打开;2、工程量增减的，依约定。没有约定或约定不明的，可参照合同约定标准对增减部分单独结算。无法参照约定标准结算的，可以参照行政主管部门发布的计价标准结算;3、签订固定总价合同后，工程发生重大变化或固定总价所依据的设计图纸发生重大变更的，按照双方确定的工程量清单单价据实计价。
(三)关于认定工程依据
技术核定单一般需经设计方、建设方、监理方等确认签字。实践中发现施工人凭借技术核定单主张工程量发生了变更，进而主张相关权利。技术核定单原则上不可以作为工程量增减的依据，而应充分结合技术核定单、签证单、会商纪要等施工资料进行工程量认定。
(四)建设工程施工合同无效但验收合格，“参照合同约定结算”还是“据实结算”
《司法解释》第二条：建设工程施工合同无效，但工程竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。“参照合同约定支付工程款”是按照双方的合同约定来进行结算，并非赋予承包人选择参照合同约定或者工程定额标准进行结算的权利。要严格按照双方的合同约定，虽然合同无效，但是约定条款对结算的条款仍要严格适用(并非有效)。
(五)合同无效情况下哪方可请求参照合同价款结算
根据公平原则，发包人应当有权请求参照合同约定支付工程价款。如果发包人无权，那么承包人提出按定额计价，则会使承包人获得更多的非法利益。
(六)关于无效施工合同中的管理费
关于管理费，实践中也存在争议：
有观点认为，管理费为违法分包产生的收益，依法收缴。
有观点认为，双方之间管理费约定有效。
有观点认为，调整管理费，为因违法转分包产生非法的渔利费用，不宜将管理费认定为工程结算的工程款性质。如管理方有一定的付出，则对管理费酌定调整。
(七)合同无效后，其他条款效力的问题
合同无效后，其他的约定都不能适用的，但很多条款有参考价值。
(八)无效合同的利息问题
