根据我国法律规定，不起诉和免予起诉都是人民检察院在不追究被告人的刑事责任时所作出的决定。但由于两者适用的条件和性质不同，特别是免予起诉一词在刑事诉讼法修改后已不再使用，所以这两个概念不能混同使用。
一、不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。由于免予起诉的取消，对于其适用的对象，则扩充到不起诉中来。
《刑事诉讼法》第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
二、免予起诉是检察机关对虽构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的被告人作出的免予追究刑事责任的决定。根据原刑事诉讼法的规定：免予起诉仅适用于同时具备以下条件的被告人：
(1)被告人的行为触犯了刑法，已构成犯罪;
(2)具有刑法规定的不需要判处刑罚或免除刑罚的情节。
(1)不起诉是在犯罪嫌疑人没有构成犯罪或者虽然构成犯罪，但依照法律规定不应追究刑事责任的情况下，才可以使用;免予起诉是被告人的行为已经构成犯罪，在应负刑事责任的前提下，只是由于刑法规定不需要判处刑罚或可以免除刑罚的情况下才可以使用。
(2)不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定;免予起诉的适用，需由人民检察院根据案件的具体情况，斟酌法律上的规定作出具体决定。
不予起诉和免予起诉的区别，首先从字面的意思理解就有着很大的差别，不予起诉是由相关的司法机关，对于当事人的调查审理进行综合判定后，采取不予起诉的决定。而免于起诉则需要根据实际的案件来分析，当然最后还是与不予起诉的手续差不多的。
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