依当事人的申请由法院调查收集的证据，在质证时作为提出申请的一方当事人的证据是可以质证的。但是如果是法院依职权自行调取的证据，基于法院中立的裁判地位，当事人就不能在庭审中对其进行质证了。虽然当事人可以质疑该证据的真实性、合法性、关联性，提出意见，但是不能同法院在法庭上就这些问题进行辩驳。如果法院在听取当事人意见以后，的确发现证据本身或者收集证据的方法存在问题，就应当自行撤回该证据。
申请法院调查取证的期限应该是视证据种类的不同而定，一般都是应该在开庭钱提交证据、交换证据的规定期限届满之前七天或者是开庭前一周内，不过在庭审过程中如果出现了新证据或当事人无能力举证的情况下，也可以提出申请。法院对申请不予准许的，应当向当事人或其诉讼代理人送达通知书。当事人及其诉讼代理人可以在收到通知书的次日起3天内向受理申请的人民法院书面申请复议一次。法院应在收到复议申请之日起5天内作出答复。
行政诉讼证据提供规则
行政诉讼法第34条第1款规定了法院的此项权力，法院若在审理案件时发现当事人没有提供相应的证据来支持其主张，自然有权要求其提供。当然，法院并非一定要等待当事人提供或者补充完证据才能审理案件，因为不能提供证据支持其主张的当事人，只能面对不利的诉讼后果。
(2)被告履行举证责任的最终截止期限为在一审庭审结束前。
行政诉讼法和司法解释并未如此明确地规定，但从司法解释的两个条款中可以作此推论。司法解释第26条第2款规定，“被告应当在收到起诉状副本之日起10日内提交答辩状，并提供作出具体行政行为时的证据、依据;被告不提供或者无正当理由逾期提供的，应当认定该具体行政行为没有证据、依据。
法院在进行有关的处理时，当事人使用证据是自己权益维护的重要基础，也是法院进行安检判决的重要依据，但是并不是所有的证据都是具有时效性以及真实性，所以有关的部门在进行案件的处理时，可以质证，而且质证也是程序上的必须。
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