《刑事诉讼法》第171条第4款规定:“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”这一规定将引起存疑不起诉案件数量的大幅上升，而此类案件的后续处理难度会进一步增大。可以从以下方面加强对存疑不起诉案件的后续处理。
检察机关因案件事实不清，证据不足作出不起诉决定后，应加强说理工作。承办案件的检察官在制作“不起诉决定书”的同时应当制作“不起诉理由说明书”，阐明不起诉的理由和法律依据，并指出案件证据存在的缺陷，将“两书”与侦查卷宗同时送达公安机关。
如果侦查机关发现新的证据，检察机关经审查认为符合起诉条件的，应当重新提起公诉。《人民检察院刑事诉讼规则》第287条规定:“人民检察院根据刑事诉讼法第一百四十条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉。”该条肯定了公诉部门对证据不足不起诉案件的追诉权。但是该规定过于原则，缺乏具体操作细则，造成司法实践中执行上的不统一。可以从以下几方面予以完善。
1、明确启动重新起诉程序的条件。存疑不起诉案件重新起诉，必须以经过后续侦查查清案件事实，获取了确实、充分的证据为前提。检察机关是依职权对犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，一定期间内公安机关有移送新的事实和证据、请求再起诉的权利(检察机关、当事人发现新的事实和证据，都应把相关材料转公安机关处理)。如果公安机关在后续侦查中，发现新的证据，认为可以重新起诉的，应当将新获取的证据移送至人民检察院并书面建议重新起诉。检察机关对发现新证据的案件，应该指派原案件承办人或重新指定人员调取案卷，结合全案进行审查，必要时还可以自行补充侦查，经初步审查认为证据确实充分、符合起诉条件的，报经主管检察长、检察长批准或经检察委员会研究决定受理案件，启动重新审查起诉程序。
2、撤销原存疑不起诉决定书。实践中，公诉程序的重新启动，并不意味着原不起诉效力的自然终止，应当经过法定程序对原不起诉决定书予以撤销，以表明其效力终止。检察机关在重新审查案件后，认为新的证据达到确实充分、符合起诉条件时，应制作书面审查报告，提请检察委员会研究，经研究认为案件现有证据确实符合提起公诉条件的，应当同时决定撤销原存疑不起诉决定;如果认为仍不符合起诉条件的，则应作出维持原存疑不起诉的决定。
3、明确重新起诉案件不得撤回起诉。对发现新的证据，符合起诉条件，由检察机关重新提起公诉的案件，应规定起诉后，在庭审过程中，即使发现案件证据不足也不得撤回起诉，必须经人民法院开庭审理。对案件事实清楚，证据确实充分的，作出被告人有罪的判决;对于经补充侦查仍事实不清、证据不足的，应由法院作出被告人无罪的判决。
对于存疑不起诉的案件，必须在经过后续的侦查之后，完善相关的证据，然后在重新提出公诉。检察院依法对于存疑案件提出不起诉决定之后，公安机关在相应时间之内可以进行侦查，如果有新证据的话，可以向检察院移送证据。
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