1、启动条件不同，仲裁的前提是当事人双方达成仲裁协议，表明自愿将争议提交仲裁机关。而民事诉讼不需要双方协商，只要一方的起诉符合法定条件，法院就会受理。
2、机构不同，仲裁委是由人民政府组织有关部门(法制局)和商会统一组建，其监督机构是中国仲裁协会，其仲裁员大多是律师和政府机构人员兼职从事;法院的机构是国家法律的审判机构。
3、当事人权利不同，仲裁是当事人有权选择仲裁员。而民事诉讼的审判人员由人民法院决定。
4、程序不同，仲裁实行一审终局制。当事人不得就同一事实再次申请仲裁，也不能向人民法院再行起诉、上诉。而民事诉讼可经过一审、二审和再审三个阶段。并且仲裁一般不公开审理，这有利于保守当事人的商业秘密。而民事诉讼无特殊情况必须公开审理。
5、收费不同，仲裁费没有规定可以减交、缓交、免交，民事诉讼符合规定可缓、减、免交诉讼费。
二、经济纠纷申请仲裁的条件是什么?
(一)有仲裁协议;
(二)有具体的仲裁请求和事实、理由;
(三)属于仲裁委员会的受理范围。
三、民事诉讼的流程是什么?
1、原告起诉
2、法院受理后将起诉书副本送达被告
3、被告在十五日内提交答辩状,法院在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状,不影响审理
4、决定开庭审理的案件,法院在三日前通知当事人并公告
5、法庭调查阶段包括:当事人陈述;告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言;出示书证、物证和视听资料;宣读鉴定结论;宣读勘验笔录。
6、法庭辩论包括:原告及其诉讼代理人发言;被告及其诉讼代理人答辩;第三人及其诉讼代理人发言或者答辩;互相辩论。 法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见。
7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
8、判决宣告。
仲裁机构跟理事法院是完全不同的两个部门，对经济纠纷申请仲裁处理的话，仲裁机构的审理周期比民事诉讼短一些。在没有仲裁协议的情况下当事人申请仲裁的，仲裁机构不会受理。
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