对于非法占用土地的处理，《土地管理法》第七十六条规定：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地转为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对违法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
（二）对已建的建筑物和其他设施的处理：符合土地利用总体规划的，要没收，对不符合土地利用总体规划的，要予以拆除。
（三）对非法占用土地主体的处理：对非法占用土地的主体，可以并处罚款，《土地管理法实施条例》规定的罚款额为非法占用土地每平方米30元以下。同时，如果非法占用土地的主体是政府、政府部门或者是具有国家工作人员身份的人员，还要由监察机关或者任免机关按照管理权限依法给予行政处分。
《土地管理法》第七十六条还规定，非法占地构成犯罪的，要追究刑事责任如果非法占用的是耕地并且数量较大，造成被占耕地大量毁坏的，要追究刑事责任，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处或单处罚金。
司法解释对“数量较大”和“造成耕地大量毁坏”的解释是非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上属“数量较大”；非法占用耕地“造成耕地大量毁坏”是指在耕地上实施建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。
延伸阅读：
非法征地,如何处罚?
如何处罚非法行医
