一、土地使用权纠纷处理办法是什么?
(一)、侵权纠纷，由当事人协商解决
(二)、协商不成的，可由土地行政主管部门进行行政调处
调解达成协议的，应当制作调解书。调解书经双方当事人签名或者盖章，由承办人署名并加盖国土资源行政主管部门的印章后生效。生效的调解书具有法律效力，是土地登记的依据。当事人也可不经行政调处直接提起民事诉讼
(三)、当事人对行政调处不服的，可以以对方当事人为被告提起民事诉讼
或依法向县级以上人民政府或者乡级人民政府提出处理申请，又或者向有关的国土资源行政主管部门提出调查处理申请。国土资源行政主管部门应按规定进行审查，并在收到申请书之日起7个工作日内提出是否受理的意见。
认为应当受理的，在决定受理之日起5个工作日内将申请书副本发送被申请人。被申请人应当在接到申请书副本之日起30日内提交答辩书和有关证据材料。逾期不提交答辩书的，不影响案件的处理。
认为不应当受理的，应当及时拟定不予受理建议书，报同级人民政府作出不予受理决定。当事人对不予受理决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
当事人申请调查处理土地权属争议，应当提交书面申请书和有关证据材料，并按照被申请人数提交副本。当事人委托代理人申请的，还应当提交授权委托书。
(四)、当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼
在规定的时间内，当事人既不申请行政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
二、土地使用权转让流程是什么?
(一)申请土地使用权转让
申请土地使用权转让应提交下列文件资料：
1、土地转让申请书;
2、土地使用权证(正本);
4、土地使用权转让合同书或者赠与书(经公证)，或交换协议书，或人民法院依法作出的已经生效的判决书、裁定书、调解书，或有关行政机关的行政决定书，以及合法方式转移土地使用权的文件、证明等;
5、双方或多方营业执照、法定代表人证明、授权委托书及代理人身份证明、通讯地址和联系电话;
6、同一建筑物分割转让(如商品楼房分层分套出售)土地使用权随之转让的，应提交规划部门的有关文件以便计算房屋权利人分摊的土地面积;属划拨土地的还要补办出让手续，补交往地价款、补签出让合同并提交相应文件;
7、属土地分割转让的提交规划部门的规划文件或转让地块的规划要求;
8、军队空余土地使用权转让须持批准补办出让文件和军队土地管理部门的证明文件;
9、提交具有资格的地产评估机构对转让土地使用权的估价报告书和市土地管理局的确认书;
10、地块开发投资或建筑物资产净值财务报告;
11、市政道路规划网络图;
12、其他法律、法规规定的文件。
(二)、受理申请(1天)
1、窗口收件人审查当事人所提交的文件资料是否真实、齐备。申请文件资料齐全又符合规定的，则予受理;
2、给受理的申请编号并发给回执，回执注明所收取的文件资料，受理日期并编号。
(三)、初审(5天)
土地交易所接收提供的文件资料负责到档案室进行查核，在5天内作出是否受理申请的书面签复。
1、审查人员审查上述文件资料是否真实，齐全有效，是否违反《土地管理法》、《城市房地产管理法》等法规规定以及省、市和规划部门的有关规定。
2、审查人员查明有下列情形之一的，则驳回转让申请。
(1)未依法登记领取权属证书的;
(2)权属来源的性质是不许转让而又未取得批准的;
(3)根据城市规划，市政府决定收回土地使用权的或市政府批准列入征用、拆迁范围内的和不符合城市规划的;
(4)司法机关、行政机关依法裁定，决定查封或者以其他形式限制的;
(5)共有土地使用权，未经其他共有人书面同意的;
(6)设立抵押权的土地使用权，未经抵押人书面同意的;
(7)权属有争议的;
(8)以出让方式取得土地使用权，不按照出让合同约定支付全部土地使用权出让金的(包括征地协议未全部兑现的)，不按照出让合同约定进行投资开发的，达不到建设用地条件或投资额达不到总投资额25%以上的;
(9)转让土地使用权权属来源属行政划拨的(即未注明使用期限的)，未取得土地部门批准，补办土地出让手续，补交地价款和签订《土地出让合同》的;
(10)转让已出租的土地使用权，转让人或受让人与承租人未达成协议的;
3、实地勘察。
4、属于地块分割或面积变化的由局测量队提供定线作业表和宗地图。
(四)审核(3天)
经办人提出初审意见，经所领导审核不合格的，转窗口复函不同意办理转让手续并退文;审核合格的提出审核意见报局领导审批。
交易所根据局领导的审批意见，将批准文件资料转交地籍科(属成片开发土地的先报市政府评审)。
(五)缴纳税费
经办人员按照有关规定通知当事人到指定的部门缴纳税费，申报人应及时将完税或免税证明提供给地产交易窗口。
(六)地籍科根据上述文件资料核发土地使用权证
(七)立卷归档
在当代的社会，现在的土地使用权很容易发生一些纠纷，不仅仅是关于土地使用权确权纠纷，还有很多土地使用权侵权纠纷，面对积分的时候应当采取合法的方式解决，比如说协商，调处和诉讼。
延伸阅读：
土地使用权的使用期限届满后怎样处理
土地使用权转让限制条件有哪些？
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