首先，应该咨询土地管理局，如果系统中也没有档案的话可以找土地使用证可以找寻相关部门办理，准备好材料进行申请办理即可，如果是土地管理人员的疏忽问题可以选择进行上诉，或者选择重新提交材料进行申请。
《中华人民共和国土地管理法实施条例》
第三条 国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。
土地登记资料可以公开查询。
确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《森林法》、《草原法》和《渔业法》的有关规定办理。
第四条 农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
一)申请
1、由农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。
2、提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。 3、土地权属材料(82年5月14日以前，提交村、队权属来源证明书;82年5月14日以后，提交农村建房使用证;97年4月以后提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等)。
二)调查
由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图。
三)审核
先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核，审核用地材料是否合法，用地界线是否无争议，用地面积是否准确。
四)审批
经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县人民政府颁发集体土地使用证。
村民手中有集体土地使用证，但是在国土资源部门却没有任何的档案是不正常的，所以民众自身也要先到国土部门去问清楚了没有档案的具体原因，结合原因准备需要的这些材料，情况属实的话肯定国土部门还会重新补办集体土地使用证的档案的，国土部和民众手中的土地使用证的信息必须是完全核对无误的才行。
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