集体经营性建设用地收益分配方式有：一是按照第二轮承包土地时的人口进行划分;二是按照目前村内的所有人数进行划分。集体土地收益一般由集体经济组织内部民主决定，政府作出释放监管和干预，防治出现个别基层干部或者其他强势群体对土地收益的不当控制和以权谋私。现如今我国农村实行的是家庭联产承包责任制，集体土地承包到每家每户，以家庭为单位进行土地的种植及管理，所获经济收入由家庭自由支配。如果是统一流转出去，则根据承包地面积进行比例划定，然后分配收益，这个是合理合法的，大多地方都是采取这样的方式来分配利益。
二、司法解释
从新推出的《关于稳步推进农村集体产权制度改革的意见》中，表示将集体经营性资产股权量化到人就是给农民和集体资产进行“确权”。这意味着，每个村集体经济组织就是一家股份公司，作为集体组织中的农民都是股东，集体赚的钱农民可以分红。而且股权可以在集体内转让流动，未来也许可以享受股权质押贷款政策，用来做资金周转。不过现在还在资产核查阶段。此外，在最近的新政策《利用集体建设用地建设租赁住房试点方案》中，村镇集体可以通过联营、入股或者自营的方式开发项目，然后农民可以“入股分红”。但仍然在试点中。
目前，对于集体经济组织收益成员分配比例，各地存在较大差异，比如：四川郫县统一以“二八”分成作为指导性分配比例，即将不高于入市净收益的20%用于村民分红，剩下由集体经济组织统一分配使用。浙江德清明确村集体经济组织入市收益统一列入集体公积公益金进行管理，收益资金作为经营性资产，以股权增值方式追加量化成员股权;村内其他集体经济组织入市收益采取“一九”分成，10%作为村集体提留，其余在该集体经济组织成员之间公平分配。总的来看，集体提留主要用于相关村、组集体社区的各项基础设施建设、社会福利事业和其他基本公共服务开支，纳入农村集体资产统一管理和监督。
对于集体经营性建设用地收益的根本问题，一般是涉及到农村集体土地在开发建设过程中，所产生的收益问题，目前主流的分配方式是根据土地使用权的分配权属来进行收益分配，但国家正在积极推进土地股份制改革，如果相应的政策得到落实，将有可以更加规范集体经营性建设用地的收益问题。
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