回顾新中国成立以来农村土地集体所有制形成过程，有助于我们认清制度变迁脉络，明确改革方向，为科学界定“三权分置”理清思路。
一是1949至1952年土地改革阶段。该阶段，全国进行了彻底的土地改革，废除地主土地所有制，实现“耕者有其田”，建立了土地“农民所有、农户自营”的产权结构。
二是1952年至1978年的合作化和人民公社阶段。从避免土地兼并、农民贫富分化等诸多因素考虑，农村实行了社会主义改造，实现了农村土地集体所有。人民公社时期实行“一大二公”，废除私有财产，一切生产资料归公社所有。
三是1978年改革开放以来。各地积极探索，在坚持集体所有前提下，出现了统一经营、联产到劳，包产到户、包干到户，专业承包、联产计酬等多种经营形式，最终形成集体所有、家庭承包经营的土地制度，确立了家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营模式。
从农村土地集体所有制形成的历史过程可以看出，农村土地集体所有权是一定范围内(村级或者村民小组)农民群体的权利，与农民个体存在权利冲突，但不是对立关系，从外部看，二者利益一致。通过改革建立家庭承包经营制度的目的是适应农村生产力发展需要，通过满足农民群众的物质利益需要，调动其发展社会主义的积极性，最终目的是生产发展，实现社会主义。因此，深化农村土地改革，实行“三权分置”，不能与终极目标背道而驰，把集体改弱了;也不能违背生产力发展规律，侵害农民财产权利，妨碍其发展积极性。
从土地制度沿革历史可以看出，与普通财产所有权相比，土地集体所有权具有以下特殊性：
一是标的物特殊。集体土地所有权标的物是土地。与其他资源相比，土地具有稀缺性、不可再生性等特征，是社会经济发展的基础条件，是人类生产生活必不可少的资源。这就决定了以土地为标的的所有权在设立、行使、处置等方面必然受到法律的特殊约束。在我国，土地所有制关系到社会主义公有制性质，这直接决定了土地所有权权能必然与普通财产所有权、国外私有制下的土地所有权不同。只有清楚认识这一点，才能科学界定集体土地所有权权能。
二是权利来源特殊。物权的取得可分为原始取得和继受取得。原始取得不以他人的权利和意志为依据，根据法律规定直接取得物权。继受取得是为他人在自己的物上创设物权或通过法律行为移转物权，使得他人取得物权。集体土地所有权，是在经历了土地改革、互助、合作、人民公社等阶段，最终确立“三级所有、队为基础”的历史沿革中形成的，具有深厚的历史背景。这决定了集体土地所有权，不能如原始取得的所有权那样单纯绝对，也不能像继受取得的所有权那样权利变动和归属路径清晰。
三是权利主体特殊。物权法规定，农民集体所有的土地，属于本集体成员集体所有。与其他民事主体的清晰边界相比，农民集体具有先天开放性，新增人口自动取得成员资格，享有包括土地所有权在内的集体财产权益。这导致集体土地具体权利人处于不断变动之中，造成了事实上的权利人模糊。作为权利人的农民集体，与作为土地承包经营权人的农户家庭相互重合交织，增加了明晰集体权利界限与农户权利界限的难度。因此，坚持土地集体所有，必须先明确界定权利主体，并从具体农户集合中抽象出来，才能确保农民集体对内对外行使所有权，使其各项权能落到实处。
(一)作为所有权的基本权能
1.处分权。处分是财产所有权人在法律规定范围内决定财产事实上和法律上命运的权能，是所有权的基本权能之一。按照法律规定，土地集体所有权不得转让。从《物权法》和《农村土地承包法》等来看，其处分权能主要表现为设置用益物权(土地承包经营权)，以及农民集体在讨论决定承包方案、因自然灾害严重毁损等特殊情形调整承包地、“四荒地”发包给本集体经济组织以外的单位和个人经营、农户在本集体经济组织内部转让承包权和流转土地经营权、土地征收及征地补偿款分配等有关土地重大事项中的知情权和决策权。
2.直接经营权。集体土地所有权是主要的农村产权之一。在家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制下，农民集体有权按照国家法律政策规定实行家庭承包经营，也可以依法经过民主决策，采取直接经营等方式利用集体土地。直接经营权的对象可以是部分集体土地，也可以是全部集体土地。在后者情形下，直接经营权表现为统一经营权。
3.收益权。从目前的法律政策看，土地集体所有权的收益权主要体现在发包“四荒地”时可以收取承包费;集体土地对外流转时，利用集体资金改良土壤、提高地力的，可向本集体经济组织以外的流入方收取基础设施使用费和土地流转管理服务费;集体统一组织经营时，收获和处置农作物等权利。
4.获得补偿和赔偿权。物权法规定，为了公共利益需要，征收集体所有的土地，应当依法足额支付土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿等费用。其中土地补偿费即为对土地所有者的补偿。物权法第三十七条规定，侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以请求损害赔偿，也可以请求承担其他民事责任。这条关于损害赔偿的一般规定，当然适用于集体土地所有权。
5.监督使用和收回权。首先，按照农村土地承包法等规定，所有权人主要对经营权人合理利用和保护土地进行监督，对经营权人损害、浪费承包地和农业资源的行为进行制止，包括长期撂荒、抛荒等。其次，当经营者再流转土地经营权时，需按照规定告知土地所有权人或征得土地所有权人同意。当经营权人拒不改正损害土地的行为时，土地所有权人有权采取相应措施。
(二)因实行家庭承包制而具有的权能
1.发包权。《物权法》和《农村土地承包法》规定，农村集体经济组织可以发包本集体土地，土地承包经营权自合同生效时成立。即通过发包，在土地集体所有权上设置了土地承包经营权这种用益物权，因此发包权是集体所有权处分权能在家庭承包经营制度下的一种特殊体现。在以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制下，即使不再对承包土地进行重新发包调整，发包权也应该作为所有权的一项重要权能存在。
2.优先受让权。为发挥集体“统”的功能，推动发展适度规模经营，可以赋予土地所有权人，在承包农户流转土地时，同等条件下优先受让的权利。集体对流入土地可以统一经营或组织流转。
3.调整权。按照农村土地承包法规定，承包期内，因自然灾害严重毁损等特殊情形，发包方经过民主程序可以对个别农户之间的承包地进行适当调整。一般认为，此为发包方的调整权。但土地的特殊性决定实行该权利需充分考虑社会发展利益，符合法律政策有关规定，尤其不能以少数服从多数等名义，违规调整土地，侵害农户承包权，影响土地承包关系稳定。
《意见》强调在保护集体所有权、农户承包权的基础上，平等保护经营主体以流转合同取得土地经营权。有人认为对农户承包权、土地经营权的保护，使得集体土地所有权权能部分落空，形同虚设。这种观点值得商榷。从法律角度看，设置用益物权和建立合同关系，让渡部分权能或承担合同义务，本身就是所有权权利行使的体现，所有权因此受到限制是所有权人自愿选择的后果，是应有之义。从实践角度看，采取何种经营方式，是由农户家庭一家一户分散经营还是由集体统一经营，可以通过民主程序由农民自行决定。因此，在设置集体土地所有权权能时，要在充分考虑历史和实践基础上，摆正心态，遵从法理，真正赋予农民集体完整、可实施、受尊重和保护的所有权。
