(一)立案
立案就是执法部门对于发现或接到投诉、举报等事实或者材料后，认为有违法事实发生或存在并需要追究法律责任时，决定把它作为行政案件进行查处的一种活动。这个程序中要注意哪些行政机关有权立案查处违章建筑：
一是规划局或者规划委员会。这是法定部门，城市里的违章建筑由它来管。
二是城市管理综合行政执法局。也就是大名鼎鼎的城管，城管有没有权利来管违章建筑，主要看它是否得到省级政府的授权，比如北京，城管部门是得到北京市政府的授权的，所以那个有名的人济山庄的违章建筑就是城管要求限期自行拆除的。
三是乡、镇人民政府。它的执法范围是乡、村庄规划区范围内，简单讲就是在农村的违章建筑由它来管。
除了上述部门，其他部门都没有权利查处违章建筑。实践中有国土局或者国土所、住房和城乡局、房管局等来查处违章建筑的，这是错误的。
(二)调查程序
在调查中，应当注意以下几点：
第一、调查人员不得少于2个人。
第二、调查人员要主动出示执法证件。有两个作用：一是调查人员必须具备执法资格;二是防止没有执法资格的人冒充执法人员进行执法活动。在实践中，很多地方得执法人员在调查时往往是不出示执法证件的。
第三，在被询问以及在签署笔录时要谨慎。
三是在笔录上签字要小心谨慎。
(三)决定程序
第一、告知，听取陈述、申辩
这个主要是保证被处罚人的知情权、陈述权、申辩权。执法人员在作出处罚决定前，一般会书面告知被处罚人行政处罚的事实、理由和依据。被处罚人有权陈述、申辩，如果执法人员拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立。
第二，听证
听证是指行政机关实施行政处罚过程中，在作出决定前，由非本案调查人员主持，听取调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议与法律依据，并听取当事人的陈述、举证、质证和申辩及意见的程序活动。
《行政处罚法》第四十二条规定，行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利;当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。当事人不承担行政机关组织听证的费用。
对于听证程序，建议被处罚人还是要重视一下不要错过这个程序。错过这个程序，虽然可以在这之后的比如行政复议、行政诉讼程序中得到救济。但还是不要错过听证。
(四)处罚决定书的送达和执行
执法机关如果决定要进行处罚，会作出并向被处罚人送达《行政处罚决定书》。
对于我国的违章建筑肯定也不是政府部门说拆就给拆了的，没有经过立案调查，取得确切的证据之前，哪个行政单位也没有权利直接就去拆了违法建筑。行政强拆也是属于行政处罚的一种，在强拆之前依然需要有行政处罚决定书，作出强拆决定之后相关单位才有强拆的权力。
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