看具体情况定。由于目前尚无搬迁补偿费营业税税务处理的统一政策，建议企业在遇到此类业务时多与主管税务机关及其专管员沟通，并根据沟通结果确定如何进行税务处理。
根据《土地增值税暂行条例》第8条规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。《土地增值税暂行条例实施细则》第11条进一步规定：此处所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。根据《土地增值税暂行条例实施细则》第11条规定，符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。由上述规定可知，企业从政府收到的搬迁补偿款项，在绝大多数情况下是免征土地增值税的，但是此类情况下的免征应以原房地产所在地税务机关的批文为准。在实际工作中，我们需要关注是否已获得税务机关的免税批文。如果尚未收到批文，则应视同房地产出售或转让，计提应交土地增值税。
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