一是职权的法定性，海事行政强制措施和强制执行都来自法律、法规授权;
虽然海事行政强制措施和强制执行具有上述共同的，但两者之间的区别是显然的，主要包括：
一是实施的法定理由不同，海事行政强制措施是为制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生、控制危险扩大等情形，而海事行政强制执行是基于相对人拒绝履行行政决定设定的义务;
二是对相对人的权益影响程度不同，海事行政强制措施是对相对人权利的限制，而海事行政强制执行是对相对人权利的剥夺，后者比前者严重得多;
三是所处的行政程序阶段不同，海事行政强制措施具有中间性、程序性、临时性的特点，它往往处在行政程序的中间环节，而海事行政强制执行则通常是行政程序的最后一个阶段。
海事行政强制措施的类型之所以难以界定，其根本原因是关于行政强制措施是否必须具备“物理性”特征存在争议。这一争论如果得不到解决，会直接影响海事行政强制措施的界定。
行政行为的“物理性”特征源于学者将行政行为分为意思行为与实力行为，认为“前者是一种决意的表达，后者以作出物理性的动作为特征”。有学者将是否具备“物理性”特征作为区分行政强制措施与其他行政决定的重要标准，认为行政强制措施必须是“发生可见动作的有形行为，而不是无形行为，不仅是意思行为，还是实力行为”。但是也有学者认为，行政强制措施的“强制性不能简单地理解为仅限于直接使用物理力量直接强制，也包括以物理力量为后盾迫使当事人主动履行义务”，“仅从物理性特点界定行政强制措施有失于片面”。
行政强制措施虽然具有很强的强制性特征，但并必然体现为直接的“物理性”，理由有三：
一是，从理论研究来看，行政强制措施在国外没有成例，我国学者往往将其
与国外的即时强制作相近研究，从而将“物理性”这种本属于即时强制的特征加于行政强制措施身上;而行政强制措施作为我国特有的一个行政法概念，学者对其特征的概括也各有不同，除了个别教材将“物理性”作为强制措施的特征外，大多教材都无此表述。
二是，从《行政强制法》法第2条、第9条的规定来看，首先，行政强制措施的适用范围是广泛的，既可以是为了预防、避免违法行为或不利后果、危险状态的发生，也可以是为了控制违法行为、不利后果和危险状态的蔓延与扩大，还可以是为了调查取证和执行的便利;其次，定义中所言的“暂时性控制”，强调的是一种所要达到的状态，只要行政主体的行为对相对人的人身和财产达到了预期控制的效果，无论是否施加了物理性力量，此种行为就应视为行政强制措施，比如警察的传唤并未对相对人施加任何具体的物理性力量;最后，虽然行政强制措施不必然具有物理性，而行政强制执行却是具备物理性的动态过程。
三是，从《行政强制法》的价值取向来看，其重在控权，如果将是否做出“物理性”动作来界定行政强制措施，势必极大的缩小其范围，进而使一些行为不能被行政强制法所约束，不利于行政相对人权益的保护。因为在我国执法实践中，行政机关经常发布强制性很强的“命令性”行为，比如海事管理中的责令禁止离港、责令驶向指定地点等，如果仅以不具备“物理性”而将其排除在行政强制措施之外，行政机关的这种行为将无从规制，相对人的权益将得不到保障。
在处罚前应积极的通知这类案件的处罚人，一旦这类人员拒绝执行的。相关的行政单位可自行办理或申请具有权利的行政单位对这类人员进行强制执行，递交响应的案件证据，按照法律流程办理这类案件的强制执行，对这类违法人员进行处罚。
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