1、鉴定机构不同：医疗纠纷一般是委托进行医疗过错鉴定，而医疗事故是采用医疗事故鉴定;
2、赔偿标准不同：医疗纠纷的赔偿标准是《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，而医疗事故的赔偿标准是《医疗事故处理条例》;
3、是否有行政责任不同：医疗纠纷一般没有行政责任，而医疗事故会产生行政责任，就是有卫生行政部分进行处罚医疗机构和医务人员。
(1)事故发生后，都有需要进行司法鉴定的可能
①《医疗纠纷预防和处理条例》
第三十四条 医疗纠纷人民调解委员会调解医疗纠纷，需要进行医疗损害鉴定以明确责任的，由医患双方共同委托医学会或者司法鉴定机构进行鉴定，也可以经医患双方同意，由医疗纠纷人民调解委员会委托鉴定。
医学会或者司法鉴定机构接受委托从事医疗损害鉴定，应当由鉴定事项所涉专业的临床医学、法医学等专业人员进行鉴定;医学会或者司法鉴定机构没有相关专业人员的，应当从本条例第三十五条规定的专家库中抽取相关专业专家进行鉴定。
医学会或者司法鉴定机构开展医疗损害鉴定，应当执行规定的标准和程序，尊重科学，恪守职业道德，对出具的医疗损害鉴定意见负责，不得出具虚假鉴定意见。医疗损害鉴定的具体管理办法由国务院卫生、司法行政部门共同制定。
鉴定费预先向医患双方收取，最终按照责任比例承担。
②《医疗事故处理条例》
第二十条 卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定;医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
《医疗纠纷预防和处理条例》第四十四条 发生医疗纠纷，需要赔偿的，赔付金额依照法律的规定确定。
《医疗事故处理条例》第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
(1)概念不同
①《医疗事故处理条例》
第二条 本条例所称医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。
②《医疗纠纷预防和处理条例》
第二条 本条例所称医疗纠纷，是指医患双方因诊疗活动引发的争议。
(2)在启动司法鉴定的主体、程序和参与诉讼活动中依据的法律、法规不同
①适用的法规不同
医疗纠纷司法鉴定是由司法鉴定机构(包括社会司法鉴定机构)执业的司法鉴定人以个人负责直接进行鉴定，鉴定人制作鉴定文书并在鉴定文书上签名，鉴定结论个人负责，鉴定人要承担出庭质证的义务。依据的法律、法规是《最高人民法院关于参照<医疗事故处理条例>审理医疗纠纷民事案件的通知》的规定，。
因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用《民法典》《医疗事故处理条例》的规定和司法部《司法鉴定程序通则》《宁夏回族自治区司法鉴定管理条例》等法律法规规定。
②司法鉴定的主体不同
医疗事故技术鉴定的主体是负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会组织专家鉴定组进行。鉴定结论采用的是合议制，按照少数服从多数的原则作出的，专家鉴定组成员无须在鉴定书签章和出庭质证。
医疗纠纷鉴定由医学会或者司法鉴定机构鉴定。
(3)鉴定机构的职能和鉴定结论的作用也不一样。
医疗纠纷司法鉴定，是判定医疗机构在医疗护理过程中有无过错，过错与不良医疗后果之间有无因果关系。以及医院过错在不良医疗后果中的参与度，医疗过错所致损伤程度及伤残程度。
医疗事故技术鉴定是对医患双方所争议的医疗行为判断是否构成医疗事故和医疗事故的等级及责任程度。
在医疗事故发生之后，患者的身体健康权益、或者是生命权益，都已经因为医疗机构、或者是其工作人员的原因而受到了侵害。若医疗机构不愿意向患者支付相应的损害赔偿，那么此时就将会引起医疗纠纷。
延伸阅读：
什么是一级医疗事故？赔偿标准是什么？
医疗事故赔偿调解依据是什么?
医疗事故鉴定费由谁出
