李自成遇难于湖北通山县九富山，这已被专家们所确认。但是，李自成究竟是怎样死的，却一直留有争论。《明史·李自成传》也无法搞清其身死经过。近年来，李自成身死经过有以下几种说法：
自缢说
据说李自成由于连遭败绩，最终被武装乡民包围，遂无奈走投无路选择自缢身亡。这一说法来自于清军负责追击李自成的统帅英亲王阿济格给清廷的报告。根据阿济格的说法，李自成逃人九宫山后，随即失去踪迹，清军反复求之不得，但找到的大顺士兵纷纷表示李自成已经自缢而死，而尸体却又高度腐烂，无法辨认。这一说法争议颇大，由于阿济格并非李自成死亡的亲自见证者，又是在官方的奏报中提及此事，因此可信度未必有多高。
战死说
根据当地地方志和族谱的记载，确实有当地居民斩杀流寇的记载，例如《通山县志》载“九伯聚众杀贼首于小源口”;《程氏宗谱》则载“剿闯贼李延于牛迹岭下。”没有一个地方明确指出，程九伯的确杀死了李自成，而只是说杀死了李延。
误杀说
根据清人笔记记载，李自成是在拜谒九宫山上的元帝庙时，被误以为是土匪流寇的当地乡民从背后袭击身亡的。清人吴伟业《绥寇纪略》中说：李自成率二十骑到通城九宫山，他让将士留在山下，自己上山拜谒元帝庙。当地村民疑以为劫盗，在李自成跪拜元帝像时，被村民在身后用荷锸击伤头部，李自成当即昏倒不能起。这时村民一拥而上，将其杀死。村民搜其钱物时，发现“金印”，方知道杀错了人。
夹山寺归隐说
正是因为如此，再加上民间传说和小说家言的渲染，广泛流传着一种说法，称李自成虽然兵败但并未身死，而是隐姓埋名，在湖南石门县的夹山出家为僧。这一说法早在乾隆年间就流传开来，当时的澧州知州何磷曾撰《自成传》，提到李自成在夹山寺出家，法名奉天玉和尚。文章中还提到何璘经亲往夹山寺拜访，见到一名年逾古稀的老和尚。
这名老僧自称服侍过奉天玉和尚，口音也像陕西人。他证实了奉天玉和尚是顺治初年进入寺庙的，并拿出奉天和尚的画像给何磷看，据说画像酷似李自成的模样。此外，据说此寺还收藏了很多与奉天玉和尚有关的遗物，其中不乏宫廷玉器和只有帝王才能使用器具。1980年，在此处进行了一次考古发掘，又发现了很多贵重文物所有这些似乎都支持奉天玉和尚就是李自成的论断。
青城归隐说
在青城镇苇茨湾村李文生家发现了一本抄录并补修于民国三年的《李氏家谱》，经过考察研究，得出全新结论，李自成兵败后，化装为和尚投靠其在榆中青城的叔父李斌，晚年的李自成就生活在附近的深山大沟里，并葬于龙头堡子山下，经学者考证，《李氏家谱》中李自成除姓名与明末农民领袖李自成相同外，其余与李自成的籍贯、故里和祖辈、父母及夫人姓名等均不相同，显然不是大顺皇帝李自成。
以上基本上囊括了李自成的所有死因，那么李自成究竟是怎么死的，没有事实真相，也没有最真实的记载，如此一来，李自成的死就成了千古悬案。不过，在我看来，李自成被村民杀死的可能性是最大的，只是有部分人还对他念念不忘，不想他就那样死去而已
但无论怎么说，闯王李自成从一名贩夫走卒，能够成为指挥数十万兵马，麾下上将数十员，纵横天下，所向披靡，还能进京称帝，已经足够被称为英雄豪杰。虽然受到资料的限制，现在对李自成的生死之谜已经无法充分了解，这一历史悬案可能要永远地埋藏在岁月中。不过，仅仅从现在的研究情况来看，李自成的一生，也足够波澜壮阔，而被世人所崇拜。无论是对于明还是清，他都是一个可怕的对手。可以想象，如果在明末清初的政治舞台上没有李自成，历史将会平淡很多。
