近代中国内忧外患，大清朝各种不平等条约，国土大片沦丧，尤其是俄国，黑龙江以北，外兴安岭以南，乌苏里江以东，包括库页岛，西北巴尔喀什湖以东以南，大约150万平方公里，这些地区都是肥沃黑土，优良港口，俄国远东的人基本都住这里。但即使是这么大一块地，清政府都可以丢。但是却一定要不惜一切代价收复新疆？
当时在清廷眼中黑龙江以北是人烟稀少的不毛之地，战略上毫无价值。中国历代中原王朝的统治区域大多没有到达吉林，但对中国的安危貌似也没什么影响。
但新疆就不一样了，当时新疆和陕甘都有大量的穆斯林居民。西域一失，则河西震动，河西一旦沦陷，则南可以裹胁青海，北可以威胁蒙古，东可以扼压关陇。一旦阿古柏和陕回合流，则潼关以西非复清廷所有矣！西边的突厥人比北边的斡罗斯人更具侵略性，所以新疆一带作为战略缓冲地带，必须拿回来。
另外最主要的一点就是外东北丢失时清廷面临太平军和英法联军的内忧外患，根本有心无力。而左宗棠西征时，清廷已经镇压了太平军和捻军，可以腾出手来了。
东北方向清朝和沙俄很早以前就签过尼布楚条约，双方划定过明确国界，之后清朝把土地割让给沙俄是因为一系列的不平等条约。从清朝的角度看，除非通过战争打败沙俄，否则没可能收复那些土地。这就类似于清朝不可能再跟英国人打一仗再把香港夺回来。当然了，清朝也没有觉得丢了西伯利亚的土地是件很重要的事情，所谓龙兴之地并没有那么远。
西北方向的情况很不一样，西北方向的国界是不明确的，阿古柏这种对手也是清朝政府更熟悉的前现代对手，而不是西方列强。所以清朝有余地选择是不是要保新疆，以及讨论新疆对国家的战略价值到底有多大。类似的，琉球被日本占领的时候，清朝也有余地选择是不是要保琉球，只不过清朝作出了不同的选择。
清廷在镇压了太平天国以及大体同时代南方的变乱之后，开始着手处置西北陕甘回变以及聚集于此的一部捻军的问题。对于清廷来说，陕甘是一定要收复了，所以左宗棠入陕后，先回头镇压了捻军，然后立刻再入陕，经过了一系列烈度极大死伤惨重的战斗之后平定了陕甘。其间，左部有一些不支的时候，清廷还动过用李鸿章所部替换左宗棠的念头，足见清廷的决心。
然后在收回了陕甘之后，清廷一开始是让左宗棠着手筹备收回新疆的事宜。但是这个时候，发生了日军侵台事件，清廷考虑到海军力量尚且很弱，遂做了退让。这之后，就发生了著名的海防塞防之争。复杂的过程就不说了，总之是：李鸿章一派认为新疆相对不重要，可以变为羁縻地方甚至属国状态，而集中人力物力财力与海防；而左宗棠一派，提的是“海塞并重”，并且将新疆的防务直接联系到了清朝京师的防务上，即“保京师必保蒙古 保蒙古必保新疆”，这个问题牵动了清廷敏感的神经之一。起初，海防派人数较多，塞防派较单薄。后来，塞防派获得了重臣文祥的支持。最终，清廷同意了“海塞并重”的策略，而实际实行的，是优先支持塞防，海防支持的则相对较少。
总结起来，这场争论在同光之交的近观来观察，其中不无政治斗争和博弈。而从整个同光年的政治格局和走向来看，也是清末边疆治理思想/战略的转换的契机。始于同末光初的“海塞之争”直接导致了十年之后新疆和台湾的设省。同时蒙古和东北设省也提上议事日程，其中后来后者完成了，前者则没来得及。同时发生的，还有比如哈密改土归流的努力，以及赵尔丰在川边的一些列改土归流行动，还有他宣统末年在西藏的一些列行动，后者最差也给民国留下了个西康省。
总之，归根结底还是国力衰弱，清政府软弱无能，制度腐朽。
