参加南京大屠杀的罪魁祸首之一是日军中将柳川平助指挥的第十军的第6师团，又称熊本师团。熊本师团原隶属日本关东军，参加了918事变，南京战役前刚刚被抽调到华东。熊本师团一直是日本侵略中国的先锋队，甲午海战攻入威海卫的就是熊本师团。后又参加进攻徐州、武汉的战斗。太平洋战争爆发后，1942年被编入百武晴吉的第17军，调往所罗门群岛北部的布干维尔岛与美军作战，不到半年其主力即被美军歼灭，余部困守于布因地区直至日本投降。
参加南京大屠杀的另一个罪魁祸首是第16师团，又称京都师团，原隶属日本关东军，918事变参与者。1937年7月被调入华北战线，11月调入凇沪、南京战场，是攻入南京的主力之一。1941年太平洋战争爆发后被编入第14军，参加进攻菲律宾的战役，是攻入菲律宾首都马尼拉的的主力。
后驻守莱特岛。1944年12月被麦克阿瑟率领的美军痛歼，全师团13778名士兵仅存活620人，这620人中包括著名的忏悔者东史郎。可以说，麦克阿瑟在二战中为南京大屠杀中死难的中国人担任了复仇者的角色。参加南京大屠杀的第三个罪魁祸首是第9师团，又称金泽师团。原隶属日本关东军，是日俄战争获胜主力。1935年东北义勇军主力被扑灭后调回日本国内休整，1937年凇沪战役爆发后被紧急抽调参战，是攻击南京光华门主力。参加徐州、武汉战役后回国。1940年再次派驻中国东北，绞杀抗联，防御苏联。1944年被紧急派往马里亚纳的塞班港与美军作战，几乎全军覆没。余部经整编、补充又在冲绳与美军激战，在战况正酣时，被调往台湾，避免了被美军全歼的下场。
参加南京大屠杀的第四个罪魁祸首是第13师团，又称仙台师团。参加过日俄战争，1937年从日本国内被派往上海作战，是凇沪战役、南京保卫战的敌军重要部队。第13军团后又参加徐州、武汉、豫湘桂等战役，长期驻守华中地区，1945年在长江沿岸向中国投降。参与南京大屠杀的第四个罪魁祸首是第十八师团，又称久留米师团在缅甸战场上被中国驻印军新编第一军，在密支那战役中被全歼（师团参谋长等十余将领被坦克碾死），中国军队的官兵们得知自己的对手是参加南京大屠杀的日军部队时，都高喊：“为南京报仇！”“为同胞报仇！”扑向日军。新一军第38师师长孙立人将军曾经就日军俘虏问题，对参谋长下达过下列命令：“这些狗杂种！你去审一下，凡是到过中国的，一律就地枪毙。今后都这样办。”
