太平洋战争爆发后，日军近卫师团在印度尼西亚扫荡，并担任当地的警备。1943年5月14日，近卫师团改称为近卫第二师团，美军实行“蛙跳”战术，一直没有进攻印尼，近卫师团只有驻守一直到1945年8月15日日本无条件投降为止。
2、第一师团
太平洋战争后期，战局急转直下。日军第一师团受命被调入莱特岛。1944年11月1日，第一师团奇迹般的在莱特岛西岸的奥尔默克地区登陆，准备北上以卡里格拉为据点进攻塔克罗班地区。但是在东岸登陆的美军已经完全占领了塔克罗班地区。1944年11月5日美军和第一师团在李蒙峡谷遭遇，在之后的50天内，第一师团和美军互有攻守，呈胶着状。然而最终第一师团因补给不利，无奈撤向李蒙峡谷的西侧的坎奇伯特山区。1944年12月25日，日军第14方面军司令官山下奉文大将下达了“自给自足，永久抗战”的命令。第一师团奉命转移到色布岛上。到1945年1月，第一师团撤离色布岛，莱特登陆时有1万5千名士兵的第一师团此时只剩下800名士兵了。
3、第二师团
太平洋战争爆发后，日军第二师团立即被配属给今村均中将的第16军。1942年在日军攻陷爪哇之后，第二师团被命令在当地执行警备和扫荡任务。于是，第二师团被卷进了与其命运相关的所罗门群岛的战役。1942年8月开始的瓜岛攻坚战，才是第二师团恶梦的开始。为了夺下瓜岛的飞机场，作为先遣队，第二师团派出了以步兵第4联队为基干而组成的青叶支队(支队长那须弓雄少将)。为了与此相配合，川口支队(支队长川口清健少将，福冈的第35旅团为基础)和青叶支队一同在瓜岛登陆。9月2日，第一次瓜岛机场争夺战以日军的失败而告终。10月初，第二师团主力在瓜岛成功登陆，于24日和25日进行了第二次总攻击。然而得到的又是惨败，并且以那须少将为首，步兵第16和29联队两个联队长都战死。雪上加霜的是11月3日，步兵第4联队联队长又战死了。这就意味着在瓜岛的第二师团失去了他们所有的步兵指挥官。再加上食物和弹药的补给已经完全被切断。“瓜”岛变成了“饿”岛(日语中，“瓜”的发音和“饿”的发音相同)，不断有士兵饿死和逃走。
4、第三师团
日军第三师团一直在中国战场作战，最后参加了“大陆交通线打通”作战(“一号”作战)。中国方面称之为豫湘桂战役。这次战役分为第一期“京汉”作战和第二期“湘桂”作战，而第三师团参加了“湘桂”作战。这个作战的宗旨是：确保从汉口到越南的铁路沿线，破坏在中国华南地区的盟军B29轰炸机机场。作战成功了。最后，第三师团在前往上海的路上，迎来了无条件投降的那一天。
5、第四师团
又称大阪师团，第四师团在太平洋战争初期参加了日军对菲律宾的进攻，之后曾一度回国整编，1943年第四师团再次被动员，被派往印度尼西亚担任Sumatra岛的警备。最后被派属给日军第15军，进驻在泰国。不久之后在泰国的Lamphum向英国东南亚军区无条件投降。
