1644年是一个多事之秋，这一年里，李自成的农民大军攻陷了北京城，崇祯帝在煤山自缢了，紧接着驻守山海关的吴三桂也投降了满军，引着满清入关，李自成大败，仓皇逃出了北京城。在他逃跑钱登记称帝了，算是过了把皇帝的瘾。就这样，短短一年的时间里，北京城三易其主。
崇祯皇帝没了，并不意味着明朝彻底完蛋。因为此时的明廷还控制着富庶的江南，留都南京，也有一套官僚体制。按理说，他们完全可以像南宋那样，至少维持一个世纪，但作为明朝延续的南明，仅仅过了十八年，就烟消云散，走向了败亡，这是为什么呢?
北京沦陷的消息传到江南以后，南京的官员们先是陷入了惊愕，等回过神，马上想到国不可一日无君的道理，准备拥立新君。
最合适的当然是崇祯的三个儿子，可他们没有一个在江南。按照亲疏远近，有人提出崇祯的堂兄福王朱由崧继任皇位，这一提议引起了东林党官员的反对。要知道，朱由崧是朱常洵之子，万历皇帝偏爱这个儿子，想立他当太子，这一举动引起了不少东林党成员的坚决反对，一气之下，万历连续二十多年不上朝，但还是拗不过，选择了崇祯的父亲朱常洛。要是拥立老福王的儿子，很可能遭到打击报复。
所以，他们以 “立贤不立长”为由，迎立潞王朱常淓。面对争执，南京官员中地位最高的兵部尚书史可法，既不同意拥立福王，也不答应拥立潞王，而是选择拥立的桂王朱常瀛。
就官员们争执不下之际，朱由崧找到了江北四镇总兵，说自己当上皇帝会给他们不少好处。四镇总兵欣喜过望，就答应了下来。得到了枪杆子的支持，朱由崧进入南京城，先是暂任监国，然后登基称帝，史称弘光帝。
对于东林党不愿拥立自己，朱由崧耿耿于怀，因此在登基后，对东林党官员极力打压，史可法升任礼部尚书兼东阁大学士，却去掉了实权，无奈之下他只好自请去江北督师。
与此同时，凤阳总督马世英因拥立之功升至内阁首辅。马世英立刻培植势力，将阉党的阮大铖起复。东林党人对此十分不满，朝堂上的争斗越发激烈。
前往江北督师的史可法但，眼见骄兵悍将，难以制约，就想出来一个笼络四镇军队的办法----赐江北四镇总兵爵位，将其辖地作为各自封地。此举令江北四镇变成了真正的军阀，南明朝廷想调动他们更困难了。
四镇之中，以高杰军队战力最强，他本是李自成的部将，因为拐跑了邢夫人才降了明朝。史可法不断对他忠君爱国的大道理，高杰估计被他说烦了，终于决定出兵北伐。
偏偏在出兵前夕，高杰死于一场鸿门宴，他的部将拥立其子为新统帅，邢夫人要儿子拜史可法为义父，但史可法却自命清高，拒绝了这一要求。就是这一举动成了高杰军投降清军的导火索。
与此同时，南京城内，一桩 “太子案”沸沸扬扬，东林党趁机发难，要求朱由崧退位，还联络到了武昌的左良玉。接到东林党人的请求后，他决定搏一把，挥军东进，以“清君侧”的名义向南京杀来。
消息传到南京，马世英调江北四镇迎敌，北京的多尔衮则命令清军南下。仅用一天时间，清军就攻破了扬州，史可法指挥失误，但被俘后拒不投降，算是保存了气节。攻打南京的左良玉战败以后，不久即死去，其子左梦庚降清。江北四镇也先后选择了投降。仅仅建立了不到一年的弘光王朝宣告灭亡，朱由崧则被押往北京处死，时年四十岁。
占领南京后，清廷宣布轻徭薄赋，大批民众放下了抵抗的武器，然后多尔衮再次下达剃发令，此举不但激怒了乡绅，也惹怒了江南各地的百姓，他们发誓断头不断发，由拿起了武器进行抵抗：
江阴城典史阎应元在孤立无援的情况下，抵抗清军81天，当降清的明将劝降时，他说 “大明有投降的将军，没有投降的典史”然后慷慨赴死。
嘉定城内以及周围四里八乡的农民，不顾李成栋大军围攻，先后三次举起义旗，直到李成栋将它变成一座死城。
此时的南明小朝廷呢，依然忙着内斗!先是有鲁王朱以海和唐王朱聿键的冲突，又有唐王之弟与桂王朱由榔的火并。
北方的清军在平定江南的动乱后，于1646年再次南下，鲁王被击败，唐王也在逃亡路上被俘杀。绍武政权被击败后，桂王朱由榔的永历政权到了岌岌可危的地步。
在此危难关头，一度与明朝为敌的大顺军郝摇旗部进入了广西，于1648年联合官军何腾蛟出击湖南，连战连捷，周边各省降清将领纷纷反正。南明，似乎又迎来一次复国机会。
然而永历朝廷内部没有抓住这次大好时机，各党派依旧只顾私利而互相倾轧，这让清廷有机可乘。他们先后击溃湖南和广西的南明军队，原大顺军将领李来亨脱离南明，转战到巴东，组成夔东十三家军，独自抗清。
广西失守后，永历帝西入云贵，他接受原张献忠部孙可望联合抗敌的建议，定都于安龙。此后，孙可望、李定国、刘文秀等人，以大西军为主力，对清军进行反攻。
其中，李东国击毙了定南王孔有德、敬谨亲王尼堪，两阙名王，天下震动。这场胜利，引发了孙可望的嫉妒，他希望更进一步，封自己为秦王。
对于他的这一要求，部分有识之士主张事急从权，封他做秦王，但还是有相当一部分官员死抱着祖宗之法坚决不允许。一时间，优柔寡断的永历帝犯了难。
情急之下，一位官员私刻一枚秦王印送给了孙可望。孙可望喜出望外，马上对诸将宣布了这一好消息。但等到真正的圣旨下来，孙可望却大失所望，不过他还是要求永历帝追封他为秦王。
固执的永历朝廷拒绝了他的要求。此后，孙可望逼走了李定国，密谋篡位。但在与李定国交战时，部下集体倒戈，最后跟随他的只有五十余骑。
孙可望不甘心失败，于是投降清朝。公元1658年，清军分三路进攻贵州，这年底，吴三桂大军进入云南，并攻破昆明，永历帝一行逃进入缅甸境内，李定国全军在磨盘山一带设伏，因内奸告密落败。
公元1661年，缅王交出了永历帝。次年四月，吴三桂用弓弦勒死了永历帝及其子。听闻永历帝遇害的李定国在忧愤中去世。南明至此王矣。
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