益生菌对于人体健康起着非常重要的作用：肠道益生菌含有各种酶，因此可以水解蛋白质、分解碳水化合物、使脂肪皂化、溶解纤维素、合成人体需要的维生素K，和B族维生素。益生菌是好东西，然而很多家长将益生菌当成包治百病、无病强身的灵丹妙药。不管是孩子不爱吃饭、积食，还是腹泻、便秘、过敏性疾患，甚至体弱多病，家长也都会给孩子补充益生菌。不过，专家指出，滥用益生菌会带来很大的副作用。
北京中医药大学附属中西医结合医院原儿科主任张思莱提醒，人体是一个可以自己生产益生菌的大工厂，吃进的食物经过肠道消化、分解和发酵可产生大量的益生菌群。普通人对益生菌的需求量并不是很大，在正常情况下人体还能自行调整体内的菌群平衡。
她强调， 对于发育中的正常孩子来说，完全没有必要额外补充益生菌。益生菌主要在两种情况下使用，一种是因为长期使用抗生素，使得抗生素不但杀死了致病菌，同时也杀死了与之同存的益生菌，因此需要补充益生菌以重新建立体内微生态屏障。另一种是因腹泻造成大量的益生菌丢失，造成肠道菌群失衡，此时需要补充益生菌，重新建立肠道菌群平衡。但她同时指出，即使是在这两种情况下应用益生菌，也需在医生指导下短期使用，不能长期滥用。
张思莱说道，长期应用益生菌会对人体构成潜在的危害。医学研究证明，人体长期使用人工合成的益生菌产品，会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，久而久之人体肠道便会产生依赖性，医学上称之为“益生菌依赖症”。而人体一旦患上“益生菌依赖症”，终生都将依靠和使用人工合成的口服益生菌产品来维持生命的健康状态。
一些医学专家还提出：益生菌的过度使用可能成为孕育“超级病菌”的新温床。由于许多乳酸菌对抗生素具有多重抗药性，透过与病原菌的共同生活、接触，很可能将自身携带的抗药性基因传递给病原菌，使之获得抗药性而成为“超级病菌”，导致感染时可能无药可医。其他可能的副作用还包括影响醣类与脂肪的代谢功能以及免疫功能失调等等。
美国卫克佛瑞斯特大学医学院小儿科博士研究团队所发表研究中指出，虽然益生菌在正常健康的人身上或有益处，如有助减缓儿童腹泻疾病，不过像免疫不全、免疫低下患者，或者极度虚弱的人在使用益生菌时要特别留意感染风险，益生菌很可能留在血液中，进而引起败血症、心内膜炎等疾病。
专家提醒家长首选母乳喂养，母乳喂养是一个有菌喂养的过程，因为乳房的乳管中含有正常的益生菌群，通过母乳喂养可以将正常菌群传给孩子，让孩子尽早建立肠道的正常菌群。这样就避免了婴儿在食用配方奶粉时产生肠道的不适应，同时也就避免了益生菌的滥用与依赖。
