鹅口疮通常在牙龈周围形成，分布位置以双颊内侧、嘴唇内侧、上颚、舌头为主，很少会出现在位置较后方的软颚上。周围无炎症反应，有斑片状白膜附着，形似奶块，但用棉签可轻轻剥去，剥去白色黏膜后，基底部充血明显。
而患手足口病的孩子，口腔可见小疱疹或溃疡，舌、颊粘膜、硬腭等处为多，偶尔波及牙龈、软腭、扁桃体和咽部。同时手、足掌背可见几个到几十个斑丘疹，后转为疱疹，比水痘疹小，疱疹周围可有炎性红晕，疱内液体较少，2-3天后吸收，不留痂。病情严重时会涉及臀部、臂、腿，躯干少见，会有口痛、厌食、低热的症状。
鹅口疮是白色念珠菌感染所引起，这种真菌有时也可在口腔中找到，当婴儿营养不良或身体衰弱时可以发病。新生儿多由产道感染，或因哺乳奶头不洁或喂养者手指的污染传播。
而手足口病是由肠道病毒引起的传染病，最常见的是柯萨奇病毒A16型及肠道病毒71型，多发生于5岁以下儿童，尤其是不注意卫生清洁，免疫力低下的孩子很容易被传染。
鹅口疮是真菌感染，是没有传染性的，只要及时治疗，不算什么大问题。
但手足口病具有传染性，而且是全球性传染病，世界大部分地区均有此病流行的报导。手足口病主要是通过人群间的密切接触进行传播的，患者咽喉分泌物及唾液中的病毒可通过空气飞沫传播。唾液、疱疹液、粪便污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、内衣等通过日常接触传播，亦可经口传播。接触被病毒污染的水源，也可经口感染，并常造成流行。门诊交叉感染和口腔器械消毒不严也可造成传播。
由于病因的不同，鹅口疮一般只常见于2岁以内的婴幼儿。而手足口病多发生于5岁以下儿童，一年四季均可发病，以夏秋季多见，冬季的发病较为少见。
