台湾海军7月1日发生误射导弹事件之后，直到蔡英文2日下午回到台湾，才大致确定事件的性质是“目无军纪、人谋不臧”。蔡英文严厉的谴责台湾“国防部”，并做出“六点裁示”。
要求在海军司令部最短期间“完成对海军的舰队管理、人员纪律、教育训练整顿并见到成绩”，同时蔡英文也要求“国防部和参谋本部，除了追究失职人员的责任之外，必须制定更严谨的操演准则，相关人员的训练也必须更严格和确实”。
台湾《联合报》3日分析称，蔡英文返回台湾后立即召开“国安会议”，在会中她与“国安团队”都认为，“系统性失灵”是造成导弹误射的核心问题。相关人士表示，整起事件是一连串失误造成，反映出台军长久累积的恶习、弊病。
导弹误射事件目前已经进入司法程序，蔡英文要求军方全力配合调查，一定要“水落石出”，在最短时间内给一个清楚交代。台湾检方陆续公布部分调查结果。
据台湾《中国时报》7月3日报道，检方发现，金江舰有40余名官兵，导弹发射时，舰长林伯泽正在舰令部开会，舰上除陈铭修、高嘉骏在战情室，其余人员都已下舰集合，等待接受测试官检阅。陈铭修因从清晨五六时许就在准备操演，当时口渴想要喝水，于是离开了战情室。
独自1人的高嘉骏此时想要再熟悉操作流程，于是自己操作屏幕，却在“作战模式”下，还没切换回“训练模式”，就一路按完“检查是否正常”“设定目标”“选择导弹”“允许发射”“发射”等，结果导弹真的发射了。正要喝水的陈铭修听见轰轰声响，冲回战情室，想切换回“训练模式”已来不及，在码头集合的人，赶紧上舰，却为时已晚。
除了检方公布的调查结果，台军2日晚也针对外界的质疑回答了10个问题，包括误射的导弹为什么不能自毁、为什么击中渔船没有爆炸等。
所有这些都没有阻止外界的批评和质疑。台湾《联合报》报道称，著名学者李家同批评说，很多民众和他一样，至今仍搞不懂，为何一个小小的中士，就能随随便便把导弹射出去？“国防部”到现在仍讲不清楚，“为何不讲清楚？我看是怕一旦讲清楚，会太丢脸。”
台湾军方介绍雄风-3导弹误射情况
对于“国防部”一开始就把主要责任都推给那个中士，李家同认为，这绝非一个小兵的问题，而是军纪散漫到极点。
世界各地都一样，要发射导弹，一定要经过层层管制，舰长的钥匙、密码，不可能随随便便交给小兵操作，何况案发时小兵身旁竟无人监督，实在荒谬至极。
绿营的台湾智库3日公布一项民调，对于导弹误射事件，74.6%民众认为台军在训练上螺丝松了。
《中国时报》3日的社论称，东亚区域安全情势极为紧绷，台军竟然发生导弹误射事件，对对岸及东亚地区造成强烈震撼。虽然初步调查显示应属个别士官与士兵操作失误、长官监督失能事件，但如此精密的高科技杀伤性武器，管理竟然如此松散，训练不良、纪律废弛，当然必须严厉追查惩处;但更该思考的是：陷入结构性失能的台军，究竟是不是应该解散。
香港“东网”评论说，用“危脆国军”这个词来形容现在的台军再合适不过，“危”是“危如累卵”，“脆”则是“脆弱不堪”!
当然，也有人认为千错万错都是“马的”错!据台湾东森新闻云网站报道，民进党“立院党团书记长”陈亭妃声称，军纪的败坏不是现在的事情，而是“从过去8年到现在，马英九对于中国的懦弱，而让大家觉得国防已经不重要了，所以导致发生今天的状况”。
此言一出，立即引起大批网友攻击，认为民进党凡事都要牵扯“前朝”，遇到状况就请“马维拉上场救援”。马英九3日出席一场活动时，对于媒体提问台军误射导弹，只是低头并未回答，然后快步离开会场。
3日下午，林伯泽、陈铭修及高嘉骏等台军官兵到遇难者黄文忠灵堂前上香，他们一到就立即下跪向家属道歉。黄文忠妻子骂高嘉骏，“是将导弹当成打线上游戏是不是？”
台湾海军误射导弹引发的争议尚在持续，而“阴谋论”的猜测也在岛内舆论场登台。
7月1日，事故发生后，台湾军方连开3次记者会，将之定调为“误射”。涉嫌肇祸的中士高嘉骏，也承认当时是在练习模拟，胡乱输入座标导致误射。
但对于这个说法，也有人并不买账。前立委邱毅就直言不相信是误射。邱毅认为，此事件内幕疑点重重，甚至可能引发台海冲突，危机爆发就在一瞬间，甚至还造成1死3伤，不但冯世宽需要下台负责，身为“三军统帅”的蔡英文也要好好思考如何面对国人。
另类共识？两岸网友都不信“误射”！
与邱毅观点类似，两岸网友对于“误射”背后是否另有隐情，也都持保留态度。
许多台湾网友认为可能是有心人士刻意操控；同时，大陆网友也不认为飞弹射击是“一场意外”，他们指台湾可能是在挑衅、测试大陆反应，是“有意为之，探摸我们的反应能力。”
台媒评论称，无论在雄三飞弹“误射”的背后是否另有隐情，两岸人民竟透过这件事产生“另类共识”，恐怕让所有人始料未及。
此外，台网友更列出5大问题点，认为此事件是“蓄意非误射”。
问题点1：
火控钥匙插入后，战斗情报中心CIC（不是舰桥）会有闪灯＋警报声音（3秒左右），舰桥也会闪灯，所以若是发射前才插入火控钥匙，全船没人知道就非常奇怪，也就是说：很可能火控钥匙是被趁夜插在孔上开启火控系统，才会全船没人知道。
问题点2：
火控钥匙插入后，发射手面前会显示“火控系统已开启”，也就是说：除非发射手是瞎子或故意，不然怎会看到“火控系统已开启”还敢真的按下去？
问题点3：
对地飞弹有事先输入的预载目标，确实有可能误发射后朝该目标直飞，但是对空，对舰飞弹都是没有预载目标的，误发射后会因为target lost飞行一段距离后进入自毁程序，但是这飞弹却飞了80多公里而没有进入自毁程序，也就是说：有人对该飞弹输入目标，不然该飞弹早就该自毁解体。
问题点4：
国防提供的该飞弹飞行路线图，很明显的其路径，就是从发射地到海峡中线的最短距离，也就是说：有人想让该飞弹尽快接近海峡中线。
问题点5：
蔡正元神通广大？误射他最先知，这下GG了，8点20分飞弹误射，蔡正元8点54分就打好文章爆料！？可见一“误射”就马上有一批党国权贵知道消息，不然以他现在的官位与身分，还能赶在误射后40分钟内写好发文？你不觉得很可疑吗？
蔡正元涉及泄密？想里应外合？
国民党政策会执行长蔡正元“躺枪”，正是由于他最早在脸书发出导弹误射消息。
蔡正元1日上午8时54分，在“脸书”上率先揭露导弹误射事件。由于他取得消息时间早过行政院与媒体，事件发生后不到30分钟就在脸书爆料飞弹误射，就连飞弹型号、数据都一并揭露，因而遭质疑有军方人员泄密。
对此蔡正元公布一张《PTT》截图解释，指LINE群组传开消息，并没有军方人员泄密。
不过，有网友指出，根据蔡正元提供的截图来看，截图上LINE群组对话所显示时间，确实是在1日上午八点43分。但是彻查PTT站内纪录可以得知，这张LINE截图是2日上午十点才被PO上《PTT》八卦版，因此消息最早揭露的仍然是蔡正元。
蔡正元发截图证明没有人泄密
时代力量立委徐永明更是指责蔡正元“想里应外合”：此时此刻中国大陆正虎视眈眈，想要借题发挥，而在台湾内部却有人“想里应外合，兜售战争恐惧，制造社会纷扰，攫取政治利益。”
行政院长林全2日上午举行跨部会议，会中提出5项指示。至于蔡正元疑似提早获知军事机密，林全虽未点名蔡正元，但也指示要调查泄密事件。
高检署晚间召开记者会说明调查状况，被问到有人透过脸书或通讯软件泄漏误射飞弹一事，雄检襄阅主任检察官黄元冠表示，因机密等级由“国防部”认定，是否涉及机密或有外泄嫌疑，仍待国防部解释。
蔡英文趁机给“自己人”升官？
被指责要与大陆“里应外合”的蔡正元也没闲着，他发文直指蔡英文趁该事件让自己人升官。
蔡正元在脸书爆料，蔡英文政府趁着“导弹危机”，将“自己人”调升大官。目前担任台湾法律事务主管部门“政次”的邢泰钊，将要调升台北检察长。岛内事务主管部门负责人叶俊荣的太太柯丽铃，目前担任高检署检察官，也将调升检察长。
据了解，邢泰钊的妻子是最高检的检察官朱富美，曾是民进党执政时，担任行政管理机构负责人张俊雄的办公室主任，与民进党关系密切。
蔡正元讽刺说，继顾立雄的太太王美花调升经济事务主管部门“次长”后，“蔡英文的手笔越来越惊人”。
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