1671年的一个清晨，对于正在西藏学习的青年喇嘛噶尔丹来说没有什么不同，这个来自于伊犁河谷准噶尔部的蒙古人显然已经习惯了高原寺庙的生活。但就在这一天从远方家乡赶来的急促马蹄声打破了长久以来的平静，使者带来一个噩耗，身为首领的兄长僧格被两个同父异母的哥哥车臣与卓特巴巴图尔暗杀，此时的准噶尔部群龙无首。作为噶尔丹的经文老师，同时也是一名卓越政治家的五世达赖敏锐地捕捉到这是一个机会，于是鼓励自己的学生还俗，并迅速返回伊犁。后续的历史证明，这个决定在中国西北催生出一个新的草原汗国，并与东方的满清帝国展开了长达70年的全面对抗。
噶尔丹的父亲是巴图尔珲台吉，于1634年继承首领之位，此时的准噶尔只是漠西蒙古四部之一，远没有上升到“汗国”的层面。在准噶尔部的土地上还生活着土尔扈特部、杜尔伯特部、和硕特部，它们以一种松散的联盟形式共存。漠西蒙古以南是信奉伊斯兰教的叶尔羌汗国，以西是与之长期争雄的哈萨克汗国，以东则是漠北蒙古，亦即喀尔喀蒙古。巴图尔珲台吉长期与哈萨克汗国征战不休，直到其子僧格继位，准噶尔部仍旧没有突破性发展，此时东方崛起的满清却抢先一步入主中原，先后消灭大明、大顺、大西三个汉族政权。
噶尔丹极力扩张时期
噶尔丹从西藏返回之后，迅速纠集部众对车臣和卓特巴巴图尔展开攻击，不久擒杀了车臣并将卓特巴巴图尔赶到了青海，自此噶尔丹成为准噶尔部无可争议的领袖。如果历史到此终结，他只不过是一个与其父亲巴图尔珲台吉和兄长僧格一样的部族首领，但噶尔丹的步伐显然不会就此停止。松散的漠西蒙古联盟体现不出噶尔丹的权力，于是他把矛头指向了和硕特部首领兼联盟盟主额齐尔图汗，并通过击败后者改变了联盟的性质，建立起绝对权威。控制漠西蒙古全境之后，噶尔丹颁布一系列法典巩固自己的统治，最终完成了部落联盟向汗国的过渡。
1678年噶尔丹接受了五世达赖的册封，自称“博硕克图汗”，准噶尔汗国正式建立，而接下来就是噶尔丹四面扩张的时代。蒙古骑兵首先翻过天山兼并了叶尔羌汗国，之后又攻入青海摧毁了当地政权。与此同时，清帝国也在东南沿海击败了台湾郑氏集团，将台湾收归版图当中，不过志得意满的康熙皇帝来不及高兴，因为很快噶尔丹的兵锋就从北方袭来。1688年准噶尔汗国攻入喀尔喀蒙古，后者不能抵挡，于是率众向清帝国投降并寻求庇护。噶尔丹一路追杀到内蒙古赤峰附近，然后掉头南下与北上的清军迎头撞上，双方遂展开激战。准噶尔部的火枪给清军带来重创，但终究抵不过对方的重型火炮，最终噶尔丹战败，喀尔喀蒙古被清廷控制。
策妄父子时期
就在噶尔丹攻打东蒙古的同时，其侄策妄阿拉布坦，也就是前任首领僧格的长子从后方发难，切断了噶尔丹的退路。本来按照蒙古法律，策妄是准噶尔汗位最有力的继承人，但噶尔丹不甘大权落入兄长一系，反而对策妄顿起杀心。为求自保的策妄阿拉布坦在僧格旧臣的保护下率众出逃，此刻适逢噶尔丹大败，千载难逢之机策妄岂能错过？最终在东西夹击之下，走投无路的噶尔丹于1697年3月13日服毒自尽。次年策妄阿拉布坦正式称汗，准噶尔由此进入策妄父子统治时期。
策妄阿拉布坦与其子噶尔丹策零统治时期准噶尔部达到鼎盛阶段，此时的准噶尔汗国号称铁骑30万，且在与清廷争夺西藏的过程中一度占据上风。康熙56年，也就是公元1717年，策妄阿拉布坦派兵攻入拉萨，西藏被准噶尔占据。如果任其站稳脚跟，则清准之间必成东西并雄之势，康熙帝闻讯立即派西安将军额伦特率兵讨伐，结果至喀喇乌苏河时遭准部全歼。康熙59年，皇十四子胤禵再度出征，终而击败准噶尔，自此西藏被清廷牢牢控制。
汗国灭亡，华夏一统
失去西藏之后，尽管准噶尔陷于清帝国两面包围之中，但百足之虫死而不僵，蒙古人仍然牢牢占据着伊犁河谷。雍正9年，清军出兵准噶尔，结果中计被围，几近全军覆没。雍正13年，清准签订合约，双方以杭爱山为界，以东归大清，以西归准噶尔，此后相安无事大约20年。1745年，噶尔丹策零去世，此后准噶尔汗国开始进入无休止的内乱当中，走马灯似的汗王交替耗尽了准部的实力。
乾隆20年，看准时机的满清朝廷计划出兵伊犁，结果遭到众臣一片反对，但此时的皇帝正值壮年，当然不肯放过这个机会。于是在1755年，南北两路大军同时开进，准噶尔汗国的灭亡进入倒计时。1757年，清军发起最后一次决定性战役，准噶尔汗国的军事力量被彻底摧毁。之后，朝廷在当地执行了近乎种族灭绝的人口政策，漠西蒙古被屠戮殆尽，自此再没有哪一个民族的比重占到绝对优势。西域重回祖国版图，乾隆取“旧疆新附”之意，将其命名为“新疆”，大清1300万平方公里的国土初步成形。
