财务报表分析对于了解企业的财务状况和经营业绩，评价企业的偿债能力和盈利能力，制定经济决策，都有着显着的作用。但由于种种因素的影响，财务报表分析及其财务报表分析方法也存在着一定的局限性。我们在分析中，应注意这些局限性的影响，以保证分析结果的正确性。
一、会计处理方法及分析方法对报表可比性的影响
会计核算上不同的处理方法产生的数据会有差别。例如固定资产采用直线折旧法或采用加速折旧法，折旧费也不同。企业长期投资采用成本法与采用权益法所确认的投资收益也不一样。因此，如果企业前后期会计处理方法改变，对前后期财务报表对比分析就会有影响。同样，一个企业与另一个企业比较，如果两个企业对同一事项的会计处理采用的方法不一样，数据的可比性也会降低。所以，我们在分析报表时，一定要注意看附注，看看企业使用的是什么方法以及方法有无变更等。
从财务报表分析方法来看，某些指标计算方法不同也会给不同企业之间的比较带来不同程度的影响。例如应收账款周转率、存货周转率等，其平均余额的计算，报表使用者由于数据的限制，往往用年初数与年末数进行平均，这样平均计算应收账款余额与存货余额，在经营业务一年内各月各季较均衡的企业尚可，但在季节性经营的企业或各月变动情况较大的情况下，如期初与期末正好是经营旺季，其平均余额就会过大，如是淡季，则又会过小，从而影响到指标的准确性。
此外，财务报表分析、指标评价要与其他企业以及行业平均指标比较才有意义。但各企业不同的情况，如环境影响、企业规模、会计核算方法的差别，会对可比性产生影响。而行业平均指标，往往是各种各样情况的综合或折衷，如果行业平均指标是采用抽样调查得到的，在抽到极端样本时，还会歪曲整个行业情况。因此，在对比分析时，应慎重使用行业平均指标，对不同企业进行比较时应注意调整一些不可比因素的影响。
二、通货膨胀的影响
由于我国的财务报表是按照历史成本原则编制的，在通货膨胀时期，有关数据会受到物价变动的影响，使其不能真实地反映企业的财务状况和经营成果，引起报表使用者的误解。例如，以历史成本为基础的资产价值必然小于资产当前的价值，以前以500万元购买的固定资产，现在的重置成本可能为800万元，但账上及报表上仍反映为500万元固定资产原价。如不知道该资产是哪一年买的，仅仅靠这个数据，我们就不能正确理解一个企业的生产规模。进一步说，折旧费是按固定资产原价提取的，利润是扣减这种折旧费计算出来的，由于折旧费定低了，企业将无力重置价格已上涨的资产;同时由于折旧费定低了，利润算多了，可能会导致企业多交所得税，多付利润，最终可能使企业的简单再生产也难以维持。
三、信息的时效性问题
财务报表中的数据，均是企业过去经济活动的结果。用这些数据来预测企业未来的动态，只有参考价值，并非绝对合理可靠。而且等报表使用者取得各种报表时，可能离报表编制日已过去多日。
四、报表数据信息量的限制
由于报表本身的原因，其提供的数据是有限的。对报表使用者来说，可能不少需要使用的信息，在报表或附注中找不到。
五、报表数据的可靠性问题
有时，企业为了使报表显示出企业良好的财务状况及经营成果，会在会计核算方法上采用其他手段来粉饰财务报表。这时财务报表分析就容易误入歧途。
