由于不同部门间的职责不同，考核指标也不尽相同，所以，管理者在实施绩效考核的过程中，要根据不同的部门设定适合该部门的考核指标。
大家都知道，绩效考核的目的是通过对部门、员工某一工作周期内的工作成果进行评估，并通过各种激励方法，促进部门和员工工作业绩的持续提升。但是由于企业部门设置复杂、面临的企业内外部环境变化等原因，加之考评的主体不同，致使员工考核结果和实际情况有所偏差，这对员工的工作积极性有一定的影响，严重的还会导致企业运营业绩的下滑。
1.分部门进行考核。由于职能部门和业务部门工作职责不一样，天生就具有不可对等性，如果绩效考核把所有部门都放在一起混为杂谈进行考核的话，显然这个考核是没有意义的。最好是分部门进行考核，比如可以分成业务部门、业务支持部门等等。只有这样收集的考核数据才具有一定的可比性，才能从他们的绩效结果中找出规律体现价值。
2.定期修正考核标准。不管用什么绩效考评方法，工作目标都需要不断的检讨和修正，以保证目标的有效性。企业不可能做到完全的公平，但要尽可能往公平的中心上靠，只有这样才不会让考评者的主观因素影响考核的整体效果。
3.要及时进行沟通。对于统计上来的数据，管理者要对其中不合理或不正常的指标进行及时沟通并协调处理。考核过程中不可避免会涉及到各个部门主管的管理风格，而评分中出现的高分和低分，或多或少都会有个人的主观因素存在，只要不涉及原则性的问题，管理者可以不去干涉。但是，当需要出面时，管理者还是应该把握好分寸。
绩效考核其实就是把绩效目标分解，形成季度或月度考核计划进行考核。由于不同部门间的职责不同，考核指标也不尽相同，所以，管理者在实施绩效考核的过程中，要根据不同的部门设定适合该部门的考核指标。
