荞麦收获后，处于晚秋季节，可适当采用低温方式贮存含水率较高的荞麦。为防止荞麦入库后仓温升高与变质现象发生，最好将荞麦籽粒的含水率降至13%以下。荞麦贮藏过程中应注意避免以下现象的发生：
（1）雨、露、水湿荞麦籽粒的处理。雨、露、水湿荞麦籽粒的呼吸作用较强，附着的微生物亦多，容易发热和霉变。遭到雨淋含水率在14%以上的荞麦籽粒，在气温较高的夏季，即使袋装单批堆放，经常通风，也会变质。为保管好雨湿荞麦籽粒，最好进行晾晒或烘干。晾晒和烘干不仅降低水分，同时还能杀菌。
（2）发热的处理。发现荞麦籽粒温度失常后，不论是因后熟作用或含水率高所引起，均应立即处理，以减轻变质或避免变质。处理方法最好是晒干或烘干。如无条件及时晾晒或烘干，应立即摊凉，降低麦温，散失水分。
（3）霉变的处理。荞麦霉变后，品质降低，气味变劣。极少量霉变荞麦籽粒混入正常荞麦中，能使全部荞麦的加工产品带有异味。所以霉变后的荞麦，即使为数不多，亦应立即晾晒或烘干，单独存放，另作处理。绝不能混入正常荞麦中，因小害大。
（4）仓虫的防治。防治仓虫的发生和繁殖，与清理仓房、杜绝虫源有关。荞麦含水量与仓虫滋生关系甚密。防止荞麦生虫，最好是收后晾晒彻底，防仓虫发生。荞麦生虫后，夏季“晒热入仓”，冬季低温冷冻杀虫也有效果。在条件许可地区，可用熏蒸剂杀虫。
