如上文所述，实行股权激励制度的目的是为了加强员工与公司间的关联度，让员工与公司一同发展，那么如果发生员工离职，处理方式应当与上述目的保持一致。
在这里，我们需要区分员工离职的情形，如果员工违反了公司的劳动制度或其他纪律并离职，那么一般处理方式为：已行权部分由创始人或其指定的第三方(如果采用创始人代持的方式)、有限合伙企业的普通合伙人或其指定的第三方(如果采用设立有限合伙企业作为期权企业的方式)以最低对价回购，未行权部分不再授予。如果员工未违反劳动制度或其他纪律而离职，则已行权部分可以由公司考虑让其继续持有或收回，未行权部分不再行权。这里之所以有所区别，是因为对于正常离职、未违反公司制度的员工，公司可以考虑其以往对公司的贡献，而让其继续持有已行权部分，但我们仍建议公司收回，因为上文提到，如果让其继续持有，那么公司后期在进行统一股东身份登记时，对于已经不在公司任职的前员工，无论是联系沟通或进行其他决策可能都会有很大障碍，阻碍公司进一步发展。
如果公司决定让正常离职、未违反公司制度的员工继续持有已行权部分，那么还要观察其是否有其他离职后义务，比如竞业禁止等，如果发生违反离职后义务的情形，则该员工已行权的激励股权应当被收回。
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