一、南游时间之谜
从时间上看，由两年南游（郑鹤声《司马迁年谱》）到近十年南游（刘孝严等编著《中国历代名人》一书）不一。司马迁究竟南游了几年？没有统一的意见。我认为，司马迁南游以两年左右时间为宜。因为秦始皇曾两次南游，每次大约近一年时间；汉武帝南巡，用了半年多时间。又因为《史记•儒林列传》讲道：“太常择民十八已上，仪状端正者补博士弟子……其高弟可以为郎中。”如果南游时间太长，司马迁始当郎中就显得年龄大了点。
二、南游路线之谜
从路线上看，王国维在《太史公行年考》中说：“考《自序》所纪，亦不尽以游之先后为次，其次当先浮沅、湘，窥九嶷然后上会稽，自是北涉汶泗，过楚及梁而归。否则既东复西，又折而之东北，殆无是理。”这种否定司马迁本人自述的言论，遭到郑鹤声等人的批评。郑鹤声在《司马迁年谱》中云：“案王氏此说，颇伤穿凿。附会之谈，绝非事实。”我认为，应按司马迁自己讲的先后为据，不能妄加歪曲。司马迁仅二十岁的青年，事前不可能将南游线路考虑得那么周到。他先到会稽探禹穴，是因为他生在龙门，从小就被大禹凿龙门等事迹所感动，这也是自然的。经过这次即东复西，又折而东北的南游，认识到最佳路线应是先到九嶷后到会稽，所以在汉武帝元封五年南巡时，可能由司马迁当向导，才走了最佳路线。
三、南游地点之谜
从地点上看，司马迁由远而近地游历。他先“上会稽，探禹穴”，这正如《集解》引张晏曰：“禹巡狩至会稽而崩，因葬焉。下有孔穴，民间云禹入此穴。”他又到湖南“窥九嶷”，这儿是舜的葬地。司马迁为什么先到会稽、九嶷呢？正如《索隐》所云：“寻上探禹穴，盖以先圣所葬处有古册文，故探窥之，亦搜采远矣。”
司马迁二十岁游的地方为：上会稽、探禹穴；窥九嶷；适长沙，观屈原所自沉渊；浮于沅、湘、南登庐山，观禹疏九江；上姑苏，望五湖；适楚，观春申君故城宫室；适淮阴；行淮、泗、济、漯；北涉汶、泗；讲业齐、鲁之都；观孔子之遗风；乡射邹、峄；厄鄱、薛、彭城；适丰、沛，过梁、楚以归。
《自序》云：“二十而南游江淮，上会稽，探禹穴，窥九疑，浮于沅，湘，北涉汶、泗，讲业齐、鲁之都，观孔子之遗风，乡射邹峄，厄困鄱、薛、彭城，过梁、楚以归。”这是司马迁自己说的。
