古人云：“慈不掌兵”。可项英性格仁慈，却屡掌兵权。他三次主掌中革军委主席之职（一次当任，二次代理）。中央红军长征后，项英任中央军区司令员兼政委，领导南方三年济游击战争。新四军组建后，项英任副军长兼政委。项英虽久握兵权，却从不枉杀人。还多次在枪口下救人。
方志纯是方志敏的堂弟，原是中共闽赣省彭湃县委书记。1934年10月，中央苏区第五次反“围剿”斗争失利，红军被迫撤出中央根据地，开始战略转移。方志纯被留在闽赣省坚持游击战争。这时省委内部还继续不停地搞所谓的“肃反”斗争，闽赣省的一些领导人被诬陷为“AB团”分子遭无辜杀害。1934年12月间，方志纯对省委和军区领导人在工作上提出过批评，被闽赣省政治保卫局关押起来，并对他施以刑讯逼供，吊打了3天，逼迫他承认是混进党内的“AB团”分子。但方志纯在原则问题上决不让步。他一再声明：我全家被国民党杀光了，我与国民党反动派的深仇血恨不共戴天，我决不是“AB团”分子，你们血口喷人，残害自己的同志，对党的事业是一种犯罪，你们将要受到党纪的惩处。
闽赣省党政机关撤出宁化城以来，一路上省保卫局将他与另一个“AB团”分子、省委宣传部原部长刘炳龙监管在一起。2月中旬，部队在一次转移途中，刘炳龙乘机带枪逃跑，叛变投敌，致使军区所属红十二团连遭国民党军袭击，伤亡很大。于是军区领导人想立即处死方志纯，以免留下后患。
在处决方志纯之前，他请求政治保卫局发两封电报：一封发给方志敏，一封发给项英，“他们可以证明我是清白的”。这时方志纯根本不知道，方志敏率领的北上抗日先遣队已陷入敌军的重重包围之中，电台早已炸掉，与外界完全失去联系。还是项英接到电报后，立即回电：“方志纯同志是个好同志，他绝不会是‘AB团’，我可担保，应立即释放。”因此，方志纯才幸免遇害。（参见：《党史博览》2012年第7期）
对于抓“AB团”的问题，项英一向以坚持教育为主。项英进入苏区之初，在调查研究过程中，发现江西地方和红军中存在肃反扩大化倾向，以至发生“富田事变”。项英对被扣押的江西省委行动委员会书记李文林的情况作了分析。李文林1926年加入中国共产党，1927年参加八一南昌起义，是赣西南革命武装和革命根据地的创建人之一，对革命做出过重要贡献，怎么就随意将他怀疑为“重要AB团犯”而抓起来呢！？更让他吃惊的是：不到四万人的红一方面军中，竟抓了四千四百多个AB团分子，每九个人中就有一个AB团分子。项英从抓AB团的情况分析中意识到，这是严重的肃反扩大化，如不制止，后果不堪设想，更多的优秀干部将会遭到不幸，会把工农红军搞垮。1931年1月16日，项英在发出《苏区中央局通告第二号》中，强调要“纠正过去反取消派AB团斗争的缺点和错误”，今后“必须根据一定事实和情形，决不能乱打乱杀，尤其防止一般小资产阶级报复主义发生，也不能随便听人乱供乱咬加以逮捕。”“对于党内小资产阶级意识和无原则派别的纠纷，党是解决与之斗争，从思想上及组织上肃清小资产阶级的意识，但党在每个斗争中都应以教育方式来教育全党党员，这样才能使党日益走上布尔什维克化。”（参见：《中共党史教学参考资料》14册639——642页）这个通告，为当时江西地方和红军中打AB团的问题说了一些公道话，实际是对总前委领导肃反扩大化的批评。项英改变了毛泽东与总前委认定为反革命暴动的结论和一网打尽式的过火斗争的结论，主张按照党内矛盾、教育方式与党的会议的办法来处理参与“富田事变”的人员。在项英的正确处理下，苏区的肃反斗争基本结束。
但是，王明及其追随者组成的中央代表团于1931年4月中旬到达中央苏区，随即召开苏区中央局第一次扩大会议，批评项英的“右倾机会主义错误”，肯定了毛泽东的意见，并继续肃反，使本来正在纠正的‘左’倾错误又发展起来。王明路线拒不采纳项英对处理富田事变的正确意见，认为项英的意见是“非常错误的，脱离阶级立场的”。会后不久，项英被撤职，由毛泽东代理苏区中央局书记及中革军委主席。（参见人民网、新华网《毛泽东的军事领袖地位是如何确立的》中新网《“富田事变”导致毛泽东领导危机》）
随着中央代表团对项英“右倾错误”的批判，各地苏区和红军中肃AB团的斗争又急剧升温，乱打乱杀现象愈来愈严重。
据《将军泪英雄血——将帅沉冤纪实录》载：“1930年11-12月，不到4万人的红一方面军，就打了4400多名AB团分子，杀了几十个团长。永新县接连把六届县委都打成AB团，只允许一个自首，其余全杀了。对待AB团分子用刑惨酷，有的竟用生锈的铁丝刺穿睾丸牵着游街。”
《党史文苑》2006年第10期载：“李韶九亲自主持审讯，不许对方辩解，许承认自己是ＡＢ团，然后交待其他ＡＢ团成员的名字。否则便施以“地雷公烧香头”、“点天灯”、女的烧阴户等酷刑。一夜之间，省行委和省苏维埃从领导到一般工作人员120多人被抓，连夜刑讯逼供，受刑人惨烈的呼叫声震撼着富田的夜空。”
在这种形势下，赣西南地方干部百分之九十以上被处决、或被监禁、或被停止工作。逮捕并杀害了红二十军大部分排以上干部。还把回中央局参加会议承认错误、接受教育的谢汉昌、刘敌、李白芳等，就以“AB团头子”的罪名重新抓起来，把赣西特委书记王怀作为AB团暴动的“同伙”也抓起来，刑讯逼供，举行公审，宣布他们的“罪行”，先后予以杀害。时任红军学习校校长兼中共校委书记（原红二十军政委）陈东日、红七军军长李明瑞、赣西南特委常委兼军委书记李文林等一批高级干部均被杀害，給革命事业造成极大损害。
项英不仅在红军时期枪口下救人，即使在最艰难的南方三年游击战争中，有些党员、战士经不住钻山沟、吃野菜、睡树林的野人似的生活而离队、叛逃，项英也不枉杀人。根据革命自觉的原则，要求红军游击队正确区分和对待三种人：
一是对不愿留下来的，首先从思想上进行帮助，实在留不住的就发路费送出境，劝其站稳立场，不要叛变和危害革命，这叫以礼相待，好来好去。
二是对已经离队但有悔改表现要求归队的，表示欢迎，不歧视，这叫“浪子回头金不换”。
三是对有一般性变节行为的，通过亲属好友做工作，争取其中立，不危害革命；对顽固不化，严重危害革命的叛徒，则坚决予以镇压。这叫善恶有分，区别对待。
由于坚持进行具体实际的思想教育和反叛徒斗争教育，认真执行区别对待的政策，使项英等人在恶劣的自然环境和敌人重重包围中，发展壮大起来。（参见《南方三年游击战争史》第二章）
在新四军时期，项英同志对保卫工作很关心，有时还作具体指导。据《项英传》、《扬帆自述》书中记载：军部印刷厂有两个工人，都是从上海来的，因对工资待遇不满，讲了怪话，被厂领导认为是反革命分子送到军法处来处理。项英同志知道后，非常重视，亲自
审问这两个人。项英向他们指出：“新四军是工人阶级的队伍，你们是工人，又是越过重重险阻从上海来参加新四军的，为什么要做反革命呢？一定有什么原因使你们不满，我们是讲民主的，有什么意见可以提嘛！”
项英同志的这番话，把这两个工人讲得哭起来了。于是，他们诉说了真实思想和对厂指导员的意见。项英同志在弄清情况后，决定马上释放他们，并且责成该厂解决了他们的具体待遇问题，对指导员也作了调动。后来，这两个工人在皖南事变中表现很好，主动要求发枪上前线，均英勇牺牲在战场上。
最为人共知的是，叶挺二次误杀红军高级将领：一次是在项英去延安开会期间，叶挺杀了曾任红军师长、师政委的叶道志等四人。另一次是叶挺报请蒋介石批准杀了高敬亭。
这二件事，对项英刺激较大。当项英得知叶挺杀了叶道志，痛惜不已！项英认为：叶道志行为是非常错误的，但不是叛变投敌，而是想回八路军工作，问题的性质是违犯纪律，属于内部问题，还应考虑到叶道志曾任过红四方面军的师长、师政委，但抓回以后就仓促决定枪毙，并于8月30日执行，项英从延安回来后得知对这件事的处理，感到太简单太重，但也无法挽救了。（参见《项英传》《赖传珠日记》）
对高敬亭的错误，项英多次发电叶挺，主张耐心教育、尽力挽救。他认为："若操之过急，又会生变，而且无效"。项英还于5月4日致电中央书记处，建议用毛主席的名义致电高敬亭，给以慰勉，提出希望，并且拟草电文报批。然而，叶挺和江北指挥部根据国民党政府军委会所谓"奉委座电令，所请将高敬亭处以枪刑照准"的电报，于当年6月24日将高敬亭处死。
